结论：店内员工3年累计微信贪污5000元的行为，是否构成盗窃，需结合具体行为方式及法律定义来判断，一般情况下，若该行为符合盗窃罪的构成要件，则可能构成盗窃罪；但若该行为更符合职务侵占罪的特征，则可能构成职务侵占罪。以下是对此问题的详细分析：

一、盗窃罪的构成要件

根据《中华人民共和国刑法》第二百六十四条的规定，盗窃罪是指以非法占有为目的，盗窃公私财物数额较大或者多次盗窃、入户盗窃、携带凶器盗窃、扒窃的行为。其中，“数额较大”通常指的是盗窃公私财物价值达到一定标准，如一千元至三千元以上（具体标准因地区而异）。

1. 主观方面：员工必须具有非法占有的目的，即意图将店内财物据为己有。
2. 客观方面：员工实施了秘密窃取店内财物的行为，且该行为未得到店主的授权或同意。
3. 数额要求：虽然单次盗窃金额可能不大，但若三年内累计金额达到当地盗窃罪的“数额较大”标准，则可能构成盗窃罪。不过，需要注意的是，盗窃罪的成立通常要求单次或多次盗窃行为具有连续性，且每次盗窃行为都独立构成盗窃罪的未遂或既遂。若员工是通过长期、持续的贪污行为累积达到5000元，且每次贪污行为都未达到盗窃罪的数额标准，则可能不构成盗窃罪，而需考虑其他罪名。

二、职务侵占罪的构成要件

若员工利用职务上的便利，将店内财物非法占为己有，且数额较大（通常指六万元以上，但具体标准因地区而异，且5000元虽未达到职务侵占罪的一般数额标准，但若存在特殊情形或地区标准较低，也可能构成），则可能构成职务侵占罪。不过，就本题中的5000元而言，一般情况下可能未达到职务侵占罪的数额较大标准，但若存在特殊情形（如多次侵占、利用职务便利严重等），也可能被认定为职务侵占行为，只是可能不构成犯罪，而属于违反公司规章制度或劳动纪律的行为。

1. 主体要求：员工必须是店内的工作人员，且具有一定的职务便利。
2. 主观方面：员工必须具有非法占有的目的。
3. 客观方面：员工利用职务上的便利，将店内财物非法占为己有。
4. 数额要求：虽然本题中5000元可能未达到职务侵占罪的一般数额标准，但若存在特殊情形或地区标准较低，也可能被认定为职务侵占行为。

三、具体行为分析

1. 若员工通过秘密窃取的方式获取店内财物：如私自修改销售记录、伪造退款记录等，且三年内累计金额达到当地盗窃罪的数额较大标准，则可能构成盗窃罪。
2. 若员工利用职务上的便利获取店内财物：如利用收银、库存管理等职务便利，将店内财物非法占为己有，且行为更符合职务侵占罪的特征（尽管数额可能未达到标准），则可能构成职务侵占行为（但不构成犯罪）或职务侵占罪（若数额达到标准）。

四、法律建议

1. 收集证据：店主应收集相关证据，如销售记录、退款记录、微信转账记录等，以证明员工的贪污行为。
2. 咨询律师：由于法律问题的复杂性，建议店主咨询专业律师，以便更准确地判断员工的法律责任，并采取相应的法律措施。
3. 报警处理：若证据充分且员工行为涉嫌犯罪，店主可以向公安机关报案，由公安机关依法进行调查和处理。