结论：公司扣员工工资的百分之五作为年终绩效考核是否违法，不能一概而论，需要结合具体情况来判断。以下从不同角度进行分析：

1. 若绩效考核制度合法且员工同意：

   • 法律背景：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位有权根据本单位的生产经营特点和经济效益，依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平。同时，绩效考核作为工资分配的一种方式，如果其制定过程合法、内容合理，且经过员工同意或已在劳动合同中明确约定，那么这种扣减工资作为绩效考核的方式可能是合法的。
   • 具体分析：如果公司制定了明确的绩效考核制度，该制度经过了民主程序（如职工代表大会或全体职工讨论）并公示，且员工在入职时或制度制定后明确表示同意，那么公司按照该制度扣减员工工资的百分之五作为年终绩效考核，可能不构成违法。

2. 若绩效考核制度不合法或员工不同意：

   • 法律背景：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十条，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。如果公司未经员工同意，单方面扣减工资作为绩效考核，或者绩效考核制度本身存在违法情形（如扣减比例过高、考核标准不明确等），则可能构成违法。
   • 具体分析：
     • 扣减比例过高：如果公司扣减的工资比例过高，导致员工实际收入低于当地最低工资标准或劳动合同约定的工资标准，那么这种扣减方式显然是违法的。
     • 考核标准不明确：如果绩效考核制度缺乏明确的考核标准或考核过程不透明，导致员工对考核结果存在异议，且公司无法提供合理的解释或证据支持其考核结果，那么这种扣减方式也可能被视为违法。
     • 未经员工同意：如果公司未经员工同意，单方面在劳动合同或规章制度中规定扣减工资作为绩效考核，且该规定未经过民主程序或公示，那么这种扣减方式同样可能构成违法。

3. 法律建议：

   • 对于员工：如果认为公司的绩效考核制度不合法或不合理，可以与公司进行协商，要求公司修改或废止该制度。如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
   • 对于公司：在制定绩效考核制度时，应确保制度的合法性和合理性，经过民主程序并公示。同时，应与员工进行充分沟通，确保员工对制度的理解和同意。在实施绩效考核时，应确保考核过程的透明和公正，避免引起不必要的纠纷。

可能法律后果：如果公司违法扣减员工工资作为绩效考核，可能面临劳动监察部门的处罚，包括责令限期支付劳动报酬、加付赔偿金等。同时，员工也有权要求公司支付被扣减的工资及相应的经济补偿。

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