父母将房子通过买卖方式过户给儿子时，合同资金的处理需根据实际情况分情况讨论，具体如下：

1. 真实买卖交易
   若父母与儿子之间存在真实的买卖意图（例如儿子需通过银行贷款支付房款），则合同资金需按以下流程处理：

   • 资金流转：儿子需将合同约定的购房款支付至父母指定账户，并保留转账凭证作为交易证据。
     
   • 税务合规：根据《中华人民共和国契税法》，儿子需按房屋评估价或成交价（以较高者为准）的1%-3%缴纳契税；父母若持有房屋满五年且为唯一住房，可免征个人所得税，否则需按差额的20%或全额的1%缴纳个税。
     
   • 风险防范：建议通过银行转账完成资金支付，避免现金交易导致举证困难；若涉及大额资金，可委托第三方监管账户暂存，待过户完成后解冻支付。

2. 名为买卖实为赠与
   若双方无真实买卖意图，仅通过签订买卖合同规避赠与税（如部分地区赠与需缴纳更高税费），则需注意：

   • 法律风险：根据《民法典》第146条，若合同被认定为“通谋虚伪表示”，可能被法院宣告无效，房屋仍归父母所有，儿子需返还已过户房产。
     
   • 税务后果：税务机关可能按房屋市场价核定补征赠与税及滞纳金，甚至对虚假申报行为处以罚款。
     
   • 替代方案：若目的是降低税费，可考虑通过“买卖+赠与”组合方式（如父母将部分产权以买卖形式过户，剩余部分赠与），或利用直系亲属间赠与的税收优惠政策（如部分地区对唯一住房赠与免征增值税）。

3. 合同资金与实际不符
   若合同约定房款显著低于市场价（如“1元过户”），可能面临：

   • 税务调整：税务机关有权按《税收征收管理法》第35条核定房屋计税依据，要求补缴差额部分的税费。
     
   • 合同效力：若低价转让被认定为“恶意串通损害国家利益”，合同可能被认定无效；若仅为避税目的，可能被要求补税但不影响合同效力。
     

操作建议：

• 明确交易性质：根据真实意图选择过户方式（买卖/赠与/继承），避免混合操作导致法律风险。
  
• 完善证据链：保留资金支付凭证、沟通记录等证据，证明交易真实性。
  
• 咨询专业机构：过户前委托律师审核合同，并由税务师协助规划税费方案，确保合规性。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。