结论：分居期间给了妈妈5000元，是否会被认定为转移财产，这取决于多个因素，包括转账的目的、时间、金额以及双方的经济状况等，不能一概而论。
详细分析：
转账目的：
- 如果这笔转账是出于对母亲的赡养义务，比如母亲生活困难需要经济支持，那么这通常不会被视为转移财产。赡养父母是法律规定的义务，因此，因赡养父母而进行的转账是合理的。
- 如果转账的目的是为了隐藏或转移财产，以避免在离婚时被分割，那么这种行为就可能被视为转移财产。例如，如果转账发生在双方关系紧张、即将离婚的时期，且转账金额明显超出正常赡养范围，那么这种行为就可能引起怀疑。
转账时间：
- 如果转账发生在分居期间，且双方已经处于离婚诉讼或协商离婚的过程中，那么这笔转账就更容易被视为转移财产。因为在这个时期，双方的经济状况和财产状况都是离婚分割的重要考虑因素。
- 如果转账发生在分居初期，且双方关系尚未恶化到离婚的地步，那么这笔转账可能更不容易被视为转移财产。
转账金额：
- 转账金额的大小也是判断是否转移财产的重要因素。如果转账金额较小，且符合正常的赡养标准，那么通常不会被视为转移财产。
- 如果转账金额较大，且明显超出正常赡养范围，那么这种行为就可能被视为转移财产。
双方经济状况：
- 如果双方经济状况良好，且转账金额对双方的经济状况影响不大，那么这笔转账可能更不容易被视为转移财产。
- 如果双方经济状况较差，且转账金额对双方的经济状况产生较大影响，那么这种行为就可能更容易被视为转移财产。
法律建议：
- 在分居期间，如果需要进行大额转账或财产变动，建议事先与对方沟通并达成一致意见，以避免后续产生纠纷。
- 如果担心转账可能被视为转移财产，可以保留相关证据，如转账记录、聊天记录等，以证明转账的合理性和合法性。
- 如果在离婚过程中遇到财产分割问题，建议咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。
可能后果：
- 如果被认定为转移财产，那么在离婚时，转移财产的一方可能会面临财产分割上的不利后果，甚至可能承担法律责任。
- 如果转账行为被认定为合法且合理，那么就不会对离婚财产分割产生不利影响。
总之，分居期间给了妈妈5000元是否会被认定为转移财产，需要根据具体情况进行判断。如果有任何疑问或担忧，建议直接向我咨询，以便更好地了解自己的法律权益和义务。