当员工在公司里旷工并给公司造成损失时，赔偿问题需要依据相关法律法规、劳动合同以及公司规章制度来综合确定。以下是对这一问题的详细解答：
一、赔偿的法律依据与原则
根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，员工旷工若给公司造成损失，应依法承担赔偿责任。赔偿应遵循公平合理的原则，确保员工仅承担与其过错程度相适应的赔偿责任。
二、损失的认定
直接经济损失：
- 这包括因旷工导致的原材料报废、设备损坏、生产线停滞等直接财产损失。
- 公司需要提供确凿的证据，如生产记录、财务报表、设备维修记录等，来证明这些损失与旷工行为的直接因果关系。
间接经济损失：
- 间接经济损失可能包括生产停滞导致的订单延误交付产生的违约赔偿、客户流失带来的未来预期收益损失等。
- 这类损失的举证和认定相对困难，公司需要提供充分的证据，如客户投诉记录、订单合同、市场分析报告等，来证明损失与旷工行为之间的关联。
三、赔偿流程与操作
公司举证与通知：
- 公司应及时收集并整理相关证据，证明旷工行为与损失之间的直接因果关系及损失的具体金额。
- 以书面形式通知员工，告知其旷工行为给公司造成的损失及赔偿要求，并给予员工合理的时间进行申辩。
确定赔偿金额：
- 如果劳动合同中有明确约定旷工赔偿的条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么应按照合同约定执行。
- 如果劳动合同中没有约定，公司应根据实际损失情况，综合考虑员工的过错程度、工资收入水平等因素，合理确定赔偿金额。
协商赔偿：
- 优先通过沟通协商达成赔偿协议，明确赔偿的金额、方式和时间等事项。
- 协商过程中，双方应保持平等自愿的原则，确保协议的合法性和有效性。
从工资中扣除或法律途径：
- 经协商一致，公司可从员工工资中扣除赔偿款项，但每月扣除部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
- 如果协商不成，公司可通过劳动仲裁或诉讼方式解决赔偿争议。仲裁时效为一年，公司应在规定时间内提起仲裁或诉讼。
四、员工的权利与保障
- 员工对公司的损失认定和赔偿要求有申辩的权利。如果员工认为旷工有合理理由、损失与旷工行为无直接关系或损失金额计算不合理等，可以提供证据进行申辩。
- 员工还可以通过劳动仲裁或诉讼等法律途径维护自己的合法权益。
五、实际操作建议
- 完善规章制度：公司应在劳动合同或员工手册中明确旷工的赔偿责任和相关规定，为处理旷工损失提供法律依据。
- 谨慎评估与咨询：在要求员工赔偿前，公司应仔细评估损失情况，并咨询专业法律意见，以避免潜在的法律风险。
- 注重沟通与协商：优先通过沟通与协商解决问题，维护良好的劳动关系，促进企业的稳定发展。
综上所述，处理旷工造成的公司损失赔偿问题时，应严格遵循法律法规和劳动合同的约定，确保赔偿流程的合法性和合理性。同时，公司也应加强内部管理，完善规章制度，以预防或减少旷工行为的发生。