结论：物业公司因业主已交物业费但仍限制其只能刷本楼层电梯卡的行为，通常是不合法的，这侵犯了业主对建筑物共有部分（如电梯）的正常使用权。
法律依据及详细分析
物业服务合同与业主权利：
- 业主与物业公司之间通过物业服务合同确立服务关系。缴纳物业费是业主的义务，但使用电梯等共有设施是业主作为建筑物区分所有权人的基本权利。这两者属于不同的法律关系，不应相互捆绑。
- 电梯作为建筑物的共有部分，业主享有共同管理和使用的权利，这一权利不因是否缴纳物业费（在已缴纳的情况下）而被剥夺或限制。
法律法规的明确规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，物业服务人不得采取停止供电、供水、供热、供燃气等方式催交物业费，类似地，限制电梯使用（在已缴纳物业费的情况下）也是不合法的，因为它侵犯了业主的基本生活需求和使用权。
- 若物业服务合同中无明确且合理的约定，在业主已交物业费时限制其电梯使用，则该行为缺乏法律依据，属于违法行为。
物业公司的正确做法：
- 物业公司应通过提供优质、高效的服务来赢得业主的信任，而非采取不合理、不合法的手段来限制业主的权利。
- 对于业主的合理诉求，物业公司应积极响应并解决，如电梯卡使用问题，应确保业主在缴纳物业费后能够正常使用所有楼层的电梯。
业主的维权途径：
- 面对物业公司的不当行为，业主首先应与物业公司沟通协商，要求恢复电梯卡的正常使用。
- 若协商无果，业主可向业委会反映情况，寻求协调；或直接向房产局物业管理部门投诉；还可通过消费者协会等渠道进行维权。
- 在必要时，业主可通过诉讼等法律手段维护自己的合法权益，要求物业公司停止侵权行为并赔偿损失。
特殊情况说明
- 尽管一般情况下限制电梯卡使用不合法，但如果物业服务合同中确有明确且合理的约定（如针对特定楼层或特定时段的特殊管理规定），并且该约定不违反法律强制性规定和公序良俗，同时物业公司已履行告知义务，这种情况下可能具有一定合法性。然而，这种约定必须非常明确且合理，且不能侵犯业主的基本生活需求和使用权。在您描述的情况下，业主已缴纳物业费，因此物业公司限制其只能刷本楼层电梯卡的行为，很难被视为合法。
总结与建议
综上所述，物业公司因业主已交物业费但仍限制其只能刷本楼层电梯卡的行为，通常是不合法的。业主在面对此类情况时，应依法维护自己的权益，通过与物业公司沟通协商、向相关部门投诉或提起诉讼等方式来解决问题。同时，物业公司也应采取合法、合理的方式处理物业费问题，确保业主的正常使用权不受侵犯。如果您有任何进一步的法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。