结论：担保期限已过且与银行协商解除担保后，若要通过法院出具司法调解书，一般需先向法院提起诉讼或申请确认解除担保效力的特别程序，在诉讼或程序过程中经法院调解达成协议，法院才会出具司法调解书。以下从不同角度详细说明：

从诉讼程序角度

1. 提起诉讼：担保人认为担保期限已过且与银行协商一致解除担保，但银行可能不配合出具相关解除文件或存在其他争议时，担保人可以向有管辖权的人民法院提起民事诉讼，将银行列为被告，诉讼请求可以是确认担保合同已因期限届满且协商解除而终止等。
2. 法院受理与调解：法院受理案件后，会安排开庭审理。在审理过程中，法官会根据双方提交的证据和陈述，组织双方进行调解。如果双方能够就解除担保等相关事项达成一致意见，法院会根据调解协议制作司法调解书。例如，双方在调解中明确约定自调解书生效之日起，担保合同解除，各方权利义务终止等。
3. 调解书效力：司法调解书经双方当事人签收后，即具有法律效力，与判决书具有同等效力。一方不履行调解书确定的义务，另一方可以申请法院强制执行。

从特别程序角度（若符合条件）

1. 申请确认解除效力：在某些情况下，如果担保人和银行就解除担保事宜已经达成明确协议，且不存在实质性争议，担保人可以向法院申请确认解除担保效力的特别程序。不过，这种程序在实践中适用范围相对较窄，需要满足特定的条件，如协议内容明确、无争议等。
2. 法院审查与调解：法院受理申请后，会对相关材料进行审查。如果审查过程中发现双方对解除担保事宜仍有需要协商的地方，法院也会组织双方进行调解。若调解成功，达成一致意见，法院会出具相应的法律文书，可能包括司法调解书，确认担保合同解除等相关事项。

注意事项

1. 证据收集：在整个过程中，担保人需要收集充分的证据来证明担保期限已过以及与银行协商解除担保的事实。例如，担保合同、担保期限届满的证明材料、与银行协商解除担保的书面记录（如邮件、信函、会议纪要等）。
2. 法律适用：不同地区的法院在处理此类案件时，可能会根据当地的司法实践和具体法律规定有所差异。因此，在操作过程中，需要了解并遵循当地法院的相关要求和程序规定。

如果在担保期限已过和与银行协商解除担保过程中遇到任何法律问题，都可以直接向我咨询。