当公司在破产清算过程中发现股东存在虚假出资的情况时，法院会根据相关法律法规进行严肃处理，以保护债权人的合法权益和维护市场秩序。以下是对此问题的详细解答：
一、法律依据
根据《中华人民共和国企业破产法》第三十五条的规定：“人民法院受理破产申请后，债务人的出资人尚未完全履行出资义务的，管理人应当要求该出资人缴纳所认缴的出资，而不受出资期限的限制。”这一条款为法院处理股东虚假出资问题提供了明确的法律依据。
二、法院处理流程
管理人追缴：
- 在破产清算过程中，管理人（通常由法院指定）会负责审查公司的财务状况和股东出资情况。
- 一旦发现股东存在虚假出资或未实缴出资的情况，管理人会依据法律规定向该股东发出追缴出资的书面通知。
股东履行或诉讼：
- 收到追缴通知后，股东应尽快履行出资义务。
- 如果股东拒绝履行或未在规定时间内履行，管理人有权代表公司向法院提起诉讼，要求股东缴纳出资。
法院审理与判决：
- 法院会依法审理此类案件，审查股东的出资情况、管理人的追缴行为以及相关证据。
- 如果法院认定股东确实存在虚假出资或未实缴出资的情况，会判决股东缴纳相应的出资额。
执行与清偿：
- 判决生效后，如果股东仍未履行出资义务，法院可以采取强制执行措施，如查封、扣押、拍卖股东的财产等。
- 追缴到的出资将用于清偿公司的债务，保护债权人的合法权益。
三、具体案例与审判亮点
以镇平县人民法院处理的一起类似案件为例：
- 基本案情：某科技有限公司在破产清算过程中，管理人发现三位股东均未实缴出资。管理人依据法律规定向三位股东发出追缴出资的书面通知，但三被告未履行。
- 审判亮点：
- 速裁：法院在审理过程中积极与各方当事人沟通，结合已确认的债权给出适当的解决方案，仅在71天内完成了数百万出资额的和解。
- 云审：考虑到三位股东分散在不同地区，法院通过互联网进行线上调解，提高了审判效率。
- 和解：在充分尊重股东和债权人意愿的基础上，管理人和三位股东最终在补缴出资额上达成一致方案，实现了债权清偿率达到较高水平。
四、法官后语与启示
法官在案件处理后指出，出资义务是股东对公司最基本的义务。在注册资本认缴制下，虽然允许股东依法享有期限利益将自己的出资义务延后履行，但“认缴不实缴”并不意味着股东可以逃避自己的出资义务。法院在处理此类案件时，会严格依据法律规定，保护债权人的合法权益，维护市场秩序。
综上所述，当公司在破产清算过程中发现股东存在虚假出资的情况时，法院会依据相关法律法规进行严肃处理，通过管理人追缴、股东履行或诉讼、法院审理与判决以及执行与清偿等流程，确保债权人的合法权益得到保护。