对于已经宣布破产清算的公司发现虚假注册的情况，核心处理方式是依法向相关部门举报并配合调查，同时破产管理人需根据调查结果调整清算方案，必要时追究相关人员法律责任。 以下是具体分析：

1. 举报与调查程序
   根据《公司法》第198条及《企业破产法》相关规定，若发现公司存在虚假注册（如虚报注册资本、提交虚假材料等），破产管理人或利害关系人应立即向公司登记机关（市场监管部门）举报。登记机关将启动调查程序，若查实违法行为，可对公司处以罚款、吊销营业执照等行政处罚，并可能将案件移送公安机关追究刑事责任（如涉嫌虚报注册资本罪或欺诈注册罪）。

2. 破产清算程序的调整

   • 资产追回：若虚假注册导致公司资产不实（如虚构股东出资），破产管理人需依据《企业破产法》第34条，向虚假出资的股东或实际控制人追缴应缴未缴的出资，纳入破产财产分配。
     
   • 债权调整：若虚假注册行为损害债权人利益（如通过虚假交易转移资产），管理人可依据《企业破产法》第31-33条，申请法院撤销相关交易，恢复公司财产。
     
   • 清算方案变更：管理人需根据调查结果修订清算方案，重新核算债权债务，并报债权人会议审议通过。

3. 法律责任追究

   • 行政责任：对虚假注册的公司，登记机关可处以5万元以上50万元以下罚款；情节严重的，吊销营业执照。
     
   • 刑事责任：若虚假注册涉及犯罪（如伪造公文、诈骗等），直接负责的主管人员和其他责任人员可能被追究刑事责任，依据《刑法》第158条（虚报注册资本罪）或第159条（虚假出资、抽逃出资罪）处以刑罚。
     
   • 民事赔偿：债权人可依据《公司法》第20条，要求虚假注册的股东或实际控制人对公司债务承担连带赔偿责任。

4. 实务建议

   • 管理人职责：破产管理人应主动审查公司注册资料，发现虚假注册线索后，及时固定证据（如审计报告、工商档案）并启动法律程序。
     
   • 债权人保护：债权人可要求管理人披露调查进展，并在债权人会议中监督清算方案调整，确保自身权益不受侵害。
     
   • 跨部门协作：管理人需与市场监管部门、公安机关保持沟通，推动行政处罚与刑事立案同步进行，提高追责效率。

总结：虚假注册的发现会直接影响破产清算的合法性与债权人利益，需通过行政举报、资产追回、法律追责三管齐下处理。若您遇到具体案件，可提供更多细节（如虚假注册的具体形式、破产阶段等），我将进一步分析操作路径。