股份有限公司在清算过程中发现股东虚假出资，应采取以下措施来维护公司及合法股东的权益：

1. 立即收集证据

   • 查阅公司设立及增资文件：包括公司章程、股东名册、出资协议、验资报告等，确认股东的出资义务及实际出资情况。
   • 调查资金流向：通过银行流水、转账记录等，追踪股东出资资金的来源及去向，确认是否存在虚假出资行为。
   • 获取证人证言：与公司财务人员、其他股东或相关交易方沟通，获取他们关于股东出资情况的证言，以佐证虚假出资的事实。

2. 与虚假出资股东沟通

   • 书面质询：向虚假出资股东发出书面质询函，要求其解释出资情况，并要求其在规定期限内补足出资或提供合理解释。
   • 协商解决方案：在质询的基础上，尝试与虚假出资股东协商解决方案，如要求其立即补足出资、承担违约责任或调整股权比例等。

3. 采取法律手段

   • 提起民事诉讼：
     • 要求补足出资：根据《公司法》及相关司法解释，公司或其他股东可以提起诉讼，要求虚假出资股东补足其差额出资及利息。
     • 承担违约责任：若股东虚假出资行为违反了出资协议或公司章程的约定，公司或其他股东还可以要求其承担违约责任，包括赔偿损失等。
     • 限制股东权利：在虚假出资股东未补足出资前，公司可以通过股东会决议限制其利润分配请求权、新股优先认购权、剩余财产分配请求权等股东权利。
   • 申请强制执行：若虚假出资股东在判决生效后仍未履行补足出资的义务，公司可以申请法院强制执行，通过查封、扣押、拍卖等措施实现债权。
   • 刑事控告：若虚假出资行为情节严重，构成犯罪（如虚报注册资本罪、抽逃出资罪等），公司可以向公安机关报案，追究相关责任人的刑事责任。

4. 调整清算方案

   • 重新评估资产与负债：在确认股东虚假出资后，清算组应重新评估公司的资产与负债情况，确保清算方案的准确性和公正性。
   • 调整清算分配方案：根据重新评估的结果，调整清算分配方案，确保合法股东的权益不受损害。

法律后果与风险提示：

• 虚假出资股东的法律责任：虚假出资股东不仅需补足出资，还可能需承担违约责任、赔偿责任甚至刑事责任。
• 清算组的责任：若清算组在清算过程中未发现或未妥善处理股东虚假出资问题，可能需承担相应的法律责任。
• 公司及其他股东的权益保护：公司及其他股东应积极采取措施维护自身权益，避免因股东虚假出资而遭受损失。

举例说明：

假设某股份有限公司在清算过程中发现股东A虚假出资100万元。公司可以首先收集股东A的出资协议、验资报告、银行流水等证据，确认其虚假出资的事实。然后，公司可以向股东A发出书面质询函，要求其解释出资情况并补足出资。若股东A未予回应或拒绝补足出资，公司可以提起民事诉讼，要求股东A补足出资100万元及利息，并承担违约责任。若股东A的行为构成犯罪，公司还可以向公安机关报案，追究其刑事责任。同时，清算组应重新评估公司的资产与负债情况，调整清算分配方案，确保合法股东的权益不受损害。

总结与建议：

面对股东虚假出资的问题，公司应保持冷静并采取积极有效的应对措施。通过全面收集证据、与虚假出资股东沟通、采取法律手段及调整清算方案等步骤，公司可以最大限度地保护自己及合法股东的合法权益。若您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。