针对公司股东虚假出资5000万的情况，处理方式需根据具体情形和法律规定来综合判断，以下是一些关键的处理步骤和法律建议：

1. 确认虚假出资的事实与证据：

   • 首先，需要收集并确认股东虚假出资的具体证据，包括但不限于出资协议、银行转账记录、验资报告、公司账目等。这些证据将用于证明股东未按照约定履行出资义务。
   • 法律背景：根据《公司法》及相关司法解释，股东应当按期足额缴纳公司章程中规定的各自所认缴的出资额。股东以货币出资的，应当将货币出资足额存入有限责任公司在银行开设的账户；以非货币财产出资的，应当依法办理其财产权的转移手续。

2. 内部处理与协商：

   • 在确认虚假出资事实后，公司可以首先尝试与虚假出资的股东进行协商，要求其补足出资或采取其他补救措施。
   • 建议：协商过程中，可以明确告知股东虚假出资的法律后果，包括可能面临的民事责任、行政责任甚至刑事责任，以促使其积极配合解决问题。

3. 法律追责与救济：

   • 民事责任：如果协商无果，公司可以向法院提起诉讼，要求虚假出资的股东承担补足出资的责任，并可能要求其赔偿因虚假出资给公司造成的损失。
     • 计算公式（若涉及赔偿损失）：赔偿金额 = 公司因虚假出资遭受的实际损失（如资金成本、业务机会损失等）。
   • 行政责任：根据《公司法》及相关规定，公司的发起人、股东虚假出资，未交付或者未按期交付作为出资的货币或者非货币财产的，由公司登记机关责令改正，处以虚假出资金额百分之五以上百分之十五以下的罚款。
   • 刑事责任：在严重情况下，如虚假出资数额巨大、后果严重或者有其他严重情节的，可能构成虚假出资罪，依法应追究刑事责任。
     • 法律依据：根据《刑法》第一百五十九条，公司发起人、股东违反公司法的规定未交付货币、实物或者未转移财产权，虚假出资，数额巨大、后果严重或者有其他严重情节的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处虚假出资金额或者抽逃出资金额百分之二以上百分之十以下罚金。

4. 公司治理与预防措施：

   • 在处理完虚假出资问题后，公司应加强内部治理，完善出资验证和监管机制，防止类似问题再次发生。
   • 建议：可以建立严格的出资审查制度，要求股东在出资时提供充分的证明材料，并定期进行账目审计和出资情况核查。

5. 考虑其他股东或债权人的权益保护：

   • 如果虚假出资行为影响了其他股东或债权人的权益，公司还应考虑采取相应措施保护他们的合法权益，如通过股东会决议、债权人会议等方式进行协商和处理。

总结来说，处理公司股东虚假出资5000万的情况需要综合考虑法律追责、内部协商、公司治理和权益保护等多个方面。在处理过程中，务必确保所有行动都符合法律规定，并尽可能收集充分的证据来支持自己的主张。 如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。