商业用地到期后，政府收回土地时，对于地上建筑物的处理，主要依据现行法律法规及合同约定，通常有以下两种处理方式：

1. 无偿收回地上建筑物
   根据《中华人民共和国城市房地产管理法》第二十二条，土地使用权出让合同约定的使用年限届满，土地使用者未申请续期或者申请续期未获批准的，，国家将无偿收回土地使用权，且地上建筑物、其他附着物所有权也由国家无偿取得。这是基于土地与建筑物不可分割的属性，土地使用权终止后，建筑物作为附属物自然随土地一并收回。
   例外情形：若合同中明确约定了建筑物补偿条款（如续期失败时的补偿标准），则需按合同执行；但实践中此类约定较少，需以具体合同为准。

2. 有偿补偿或续期优先权

   • 续期申请成功：若土地使用者符合续期条件（如符合城市规划、缴纳续期费用等），可依法申请续期，此时地上建筑物继续由原使用者使用，无需补偿。
     
   • 协商补偿：部分地方性法规或政策可能允许在收回时对建筑物进行补偿（如按残值评估、折旧计算等），但需以地方政府具体规定为准。例如，深圳曾出台《深圳市到期房地产续期若干规定》，允许对建筑物进行补偿，但此类政策具有地域性，需结合当地法规判断。
     
   • 拆迁补偿：若收回土地是为了公共利益（如修建基础设施），可能适用《国有土地上房屋征收与补偿条例》，按市场价值对建筑物进行补偿，但需满足“公共利益需要”和“依法征收”的前提。

建议行动步骤：

1. 核查土地出让合同：确认合同中是否约定了到期后的建筑物处理方式（如补偿、续期条件等）。
   
2. 咨询当地自然资源部门：了解地方性法规或政策是否对建筑物补偿有特殊规定（如深圳、上海等地的试点政策）。
   
3. 评估建筑物价值：若可能涉及补偿，需提前委托专业机构对建筑物进行评估，为后续协商或诉讼提供依据。
   
4. 及时申请续期：若希望继续使用土地，需在到期前一年向自然资源部门提出续期申请，并缴纳土地出让金。

风险提示：

• 若未及时申请续期或续期未获批准，且合同无补偿约定，可能面临建筑物无偿收回的风险。
  
• 地方政策差异较大，需以当地最新规定为准，避免依赖通用条款。
  

如有具体案例或合同条款需要分析，可进一步提供信息，我将结合实际情况为您详细解答。