结论：公司给工资一万多的员工按3000元上五险一金，这一做法通常是不合法的。
分析：
五险一金的缴费基数规定：
- 根据相关法律法规，五险一金（养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险和住房公积金）的缴费基数通常应基于员工的实际工资水平来确定。这意味着，如果员工的实际工资高于某个基数（如当地社会平均工资的60%或300%等，具体比例因地区而异），那么其五险一金的缴费基数也应相应提高。
- 在您的情况下，如果员工的实际工资是一万多元，而公司却按3000元作为缴费基数，这显然低于员工的实际工资水平，因此是不合法的。
可能的法律后果：
- 公司如果未按实际工资水平为员工缴纳五险一金，可能会面临劳动行政部门的处罚，包括但不限于罚款、责令补缴等。
- 对于员工而言，他们有权要求公司按照实际工资水平补缴五险一金，并可能因此获得一定的经济补偿（如滞纳金等）。
员工权益保护：
- 如果员工发现公司未按实际工资水平缴纳五险一金，他们可以向当地的劳动行政部门投诉或举报。
- 员工也可以与公司进行协商，要求公司按照实际工资水平补缴五险一金。如果协商无果，员工还可以考虑通过法律途径来维护自己的权益，如提起劳动仲裁或诉讼等。
建议：
- 对于公司而言，应严格遵守相关法律法规，按照员工的实际工资水平来缴纳五险一金，以避免可能的法律风险和纠纷。
- 对于员工而言，如果发现公司存在未按实际工资水平缴纳五险一金的情况，应及时与公司沟通并要求补缴。如果公司拒绝补缴或协商无果，员工可以向当地的劳动行政部门投诉或举报，并考虑通过法律途径来维护自己的权益。
额外说明：
- 五险一金的缴费基数和比例可能因地区和政策的不同而有所差异。因此，在具体操作中，公司应参考当地的法律法规和政策规定来确定缴费基数和比例。
- 如果员工对五险一金的缴费情况有疑问或不确定，他们可以向当地的社保部门或住房公积金管理中心咨询以获取更准确的信息。
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