结论：工作签的合同中约定5年100万违约金是否合法，取决于该约定是否符合《劳动合同法》中关于可以约定违约金的法定情形，并且数额是否合理、双方是否真实自愿协商一致，以及是否存在违法情形。一般而言，若不符合法定情形或违约金数额过高，该约定可能不合法。
一、法定可以约定违约金的情形
根据《劳动合同法》，用人单位与劳动者仅在以下两种情形下可以约定由劳动者承担违约金：
服务期约定：
- 用人单位为劳动者提供专项培训费用，并进行专业技术培训的，可以与劳动者约定服务期。
- 若劳动者违反服务期约定，需按约定支付违约金，但违约金数额不得超过用人单位提供的培训费用，且不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
- 举例：若用人单位提供50万元培训费用，约定5年服务期，则每年分摊10万元。若劳动者工作2年后违约，则违约金最高为30万元（剩余3年×10万元/年）。若合同中约定5年100万违约金，则明显超出合理范围。
竞业限制约定：
- 用人单位可与负有保密义务的劳动者约定竞业限制条款，并在解除或终止劳动合同后给予经济补偿。
- 劳动者违反竞业限制约定的，需支付违约金。违约金数额需综合考虑竞业限制经济补偿、劳动者工资收入及给用人单位造成的损失等因素。
- 举例：若劳动者月工资为2万元，竞业限制期限为2年，且用人单位每月支付经济补偿5000元。若劳动者违反竞业限制约定，给用人单位造成重大损失，则违约金数额可能较高，但需合理，且通常不会达到5年100万的程度。
二、其他情况下的违约金约定
除上述两种情况外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。若在其他情况下约定了5年100万的违约金，该约定无效。
三、违约金数额的合理考量
即使属于法定可以约定违约金的情形，违约金数额也需合理。法院或仲裁机构在判断违约金数额是否合理时，会综合考虑以下因素：
- 实际损失：违约金的主要目的是补偿因违约而给对方造成的损失。如果违约行为造成的实际损失远低于100万，那么这一数额可能被视为过高。
- 合同履行情况与过错程度：合同的履行情况（如是否部分履行、是否存在故意违约等）以及当事人的过错程度也会影响违约金的调整。
- 预期利益：在某些情况下，违约行为不仅导致直接损失，还可能影响对方的预期利益。如果预期利益损失较大，那么较高的违约金也可能被认为是合理的，但仍需在合理范围内。
- 法律上限：虽然法律没有明确规定违约金的具体上限，但通常认为，如果违约金数额超过造成损失的30%，则可能被视为“过分高于”损失，从而面临调整的风险。
四、建议
- 审查合同条款：劳动者在签订劳动合同时，应仔细审查违约金条款，确保其合法性。若对违约金条款有疑问或认为其不合法，应及时向用人单位提出异议。
- 寻求法律帮助：若因违约金问题产生纠纷，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼，以维护自身合法权益。
综上所述，工作签的合同中约定5年100万违约金是否合法，需结合具体情况进行综合分析。若不符合法定情形或违约金数额过高，该约定可能不合法。劳动者在签订劳动合同时应谨慎审查合同条款，并在必要时寻求法律帮助。