结论：在确认劳动关系的案件中，若证据主要由单位掌握，您确实可以申请法院调查取证，但需满足一定条件并遵循法定程序。以下从多个角度为您详细分析：

一、法律依据与申请条件

根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第六条：“发生劳动争议，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，用人单位应当提供；用人单位不提供的，应当承担不利后果。”以及《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第二十条：“当事人及其诉讼代理人申请人民法院调查收集证据，应当在举证期限届满前提交书面申请。申请书应当载明被调查人的姓名或者单位名称、住所地等基本情况、所要调查收集的证据的内容、需要由人民法院调查收集证据的原因及其要证明的事实。”

关键点：

1. 证据由单位掌握：您需证明相关证据确实由单位掌握，如工资单、考勤记录、工作证等通常由单位保存的文件。
2. 书面申请：您需在举证期限届满前向法院提交书面申请，明确说明需要调查的证据内容、原因及要证明的事实。

二、申请流程与注意事项

1. 准备申请材料：

   • 书面申请书：详细说明申请调查的证据名称、内容、与案件的关联性及由单位掌握的原因。
   • 初步证据：提供能证明证据由单位掌握的初步线索，如单位曾出示过的相关文件、同事证言等。

2. 提交申请：

   • 在举证期限届满前，将申请材料提交至受理案件的法院。
   • 法院会审查您的申请，若认为符合条件，会决定调查取证。

3. 配合法院调查：

   • 法院调查时，您可能需要提供进一步的协助或信息。
   • 保持与法院的沟通，及时了解调查进展。

注意事项：

• 及时申请：务必在举证期限届满前提交申请，逾期可能不被受理。
• 充分准备：提供足够的初步证据支持您的申请，增加法院批准的可能性。
• 合法合规：确保申请内容合法合规，不侵犯他人隐私或违反法律规定。

三、可能面临的挑战与应对策略

1. 单位拒绝提供证据：

   • 若单位拒绝提供由其掌握的证据，根据法律规定，单位应承担不利后果。
   • 您可以在庭审中强调这一点，并请求法院根据已有证据作出判决。

2. 法院未批准调查申请：

   • 若法院认为您的申请不符合条件或证据不足以支持调查，可能会拒绝您的申请。
   • 此时，您可以考虑通过其他途径收集证据，如请求同事作证、收集电子邮件或短信等电子证据。

3. 证据收集困难：

   • 在某些情况下，即使法院批准调查，也可能因单位不配合或证据已灭失而难以收集。
   • 您可以与法院沟通，寻求其他解决方案，如依据现有证据进行推理或请求法院作出对单位不利的推定。

四、建议与总结

1. 提前准备：在提起劳动仲裁或诉讼前，尽可能收集能证明劳动关系的证据，即使部分证据由单位掌握。
2. 及时申请：一旦发现证据由单位掌握且难以自行收集，应立即向法院申请调查取证。
3. 保持沟通：与法院保持密切沟通，及时了解调查进展和可能面临的问题。
4. 寻求专业帮助：劳动纠纷案件涉及复杂的法律程序和证据规则，如有需要，可以随时向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。

总之，虽然证据由单位掌握可能给您确认劳动关系带来一定困难，但通过合法合规的途径申请法院调查取证，并积极配合法院工作，您仍有机会维护自己的合法权益。