结论：公司有制度时，原则上应当按照制度执行，但具体是否必须执行还需考虑制度的合法性、合理性、适用范围及特殊情况等因素。以下从多个角度进行详细分析：
一、制度合法性角度
- 合法制度必须执行：公司制度若经过合法程序制定，且内容不违反法律、行政法规的强制性规定，那么该制度对公司及其员工具有约束力，公司应当按照制度执行。例如，公司制定的考勤制度、薪酬制度等，若符合相关法律法规的规定，员工应当遵守，公司也应当按照制度进行管理。
- 违法制度无效：若公司制度违反法律、行政法规的强制性规定，或者侵犯员工合法权益，那么该制度自始无效，公司不得依据该制度对员工进行管理或处罚。例如，公司制定的“员工加班无加班费”制度，违反了《劳动法》中关于加班费支付的规定，因此该制度无效，公司不得执行。
二、制度合理性角度
- 合理制度应执行：公司制度在合法的前提下，还应当具有合理性。合理性主要体现在制度内容公平、公正，符合公司实际情况和行业惯例，能够保障公司和员工的合法权益。对于合理的制度，公司应当执行，以维护公司秩序和员工权益。
- 不合理制度可调整：若公司制度存在明显不合理之处，如过于苛刻、不公平等，那么公司应当考虑对制度进行调整或完善。在调整或完善之前，公司不得依据不合理制度对员工进行管理或处罚。例如，公司制定的“员工迟到一次即扣除当月全部奖金”制度，显然过于苛刻，公司应当考虑调整该制度。
三、制度适用范围角度
- 适用范围内应执行：公司制度通常会对适用范围进行明确规定，如适用于全体员工、特定部门或特定岗位等。对于适用范围内的员工，公司应当按照制度执行；对于适用范围外的员工，则不得依据该制度进行管理或处罚。
- 明确适用范围避免争议：为避免因制度适用范围不明确而引发的争议，公司应当在制定制度时明确规定适用范围，并在执行过程中严格遵守。
四、特殊情况角度
- 特殊情况可灵活处理：在公司运营过程中，可能会遇到一些特殊情况，如自然灾害、突发事件等，导致公司制度无法正常执行。在这种情况下，公司可以根据实际情况对制度进行灵活处理，以确保公司运营的稳定性和员工的权益。但灵活处理应当符合法律法规的规定，且不得损害员工的合法权益。
- 员工特殊情况可申请豁免：对于员工因个人原因（如疾病、家庭变故等）无法遵守公司制度的情况，公司可以考虑给予豁免或调整。但员工应当提供充分的证明材料，并按照公司规定的程序进行申请。
法律建议：
- 公司应当制定合法、合理、明确的制度，并确保制度在适用范围内得到有效执行。
- 在执行制度过程中，公司应当注重员工的权益保障，避免因制度执行不当而引发劳动争议。
- 若遇到特殊情况或员工特殊情况，公司应当根据实际情况进行灵活处理或给予豁免，但应当符合法律法规的规定。
可能法律后果：
- 若公司违反法律法规制定或执行制度，可能会面临劳动行政部门的处罚，如罚款、责令改正等。
- 若公司制度侵犯员工合法权益，员工有权向劳动争议仲裁机构或人民法院提起诉讼，要求公司承担相应的法律责任。
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