若单位被巡察组查出存在少付对方公司货款的情况，可能面临以下处理方式：

1. 补付货款及利息
   根据《民法典》第五百七十七条，单位未按合同约定支付货款的，属于违约行为。对方公司有权要求单位：

   • 补足未支付的货款；
     
   • 支付逾期付款利息（按合同约定或LPR计算）；
     
   • 赔偿因违约造成的直接损失（如对方公司因资金短缺产生的额外融资成本）。
     处理建议：单位应主动与对方公司协商补付方案，避免诉讼或行政处罚。

2. 行政责任与内部整改
   若少付货款涉及违规操作（如财务人员故意截留、审批流程漏洞等），可能触发以下后果：

   • 单位内部追责：对直接责任人（如财务人员、审批领导）进行纪律处分；
     
   • 行政机关处罚：若涉及税务、审计等问题，可能被财政、税务部门罚款或通报批评；
     
   • 巡察组整改要求：需在规定期限内提交整改报告，完善财务制度。
     处理建议：单位应配合巡察组调查，制定合规整改方案，并加强财务内控。

3. 刑事风险（极端情况）
   若少付货款行为涉嫌职务侵占、挪用资金等犯罪（如财务人员私自截留货款），可能面临：

   • 刑事立案：由公安机关介入调查；
     
   • 责任人被追究刑责：根据《刑法》第二百七十一条（职务侵占罪）或第二百七十二条（挪用资金罪），最高可处十年以上有期徒刑。
     处理建议：单位应立即自查资金流向，若发现犯罪线索，需主动向公安机关报案并配合调查。

总结建议：
单位应优先通过协商补付货款化解民事纠纷，同时全面排查财务流程漏洞，避免行政或刑事风险。若涉及复杂法律问题（如合同效力、损失计算），可直接向我咨询具体方案。