结论：是否由总公司给实际施工人结算，需根据挂靠协议的具体内容、实际施工情况以及相关法律规定来综合判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 挂靠协议的约定：

   • 如果挂靠协议中明确约定了总公司负责与实际施工人进行结算，那么总公司应当按照协议约定履行结算义务。这是基于合同自由原则，双方当事人在协议中约定的权利和义务应当得到尊重和履行。
   • 如果挂靠协议中没有明确约定结算主体，或者约定不明确，那么就需要根据其他因素来确定结算责任。

2. 实际施工情况：

   • 在实际施工中，如果实际施工人是以总公司的名义进行施工，且工程款也是通过总公司账户进行流转，那么从外观上看，总公司更像是与发包方进行结算的主体。此时，如果实际施工人完成了施工任务，且工程质量符合要求，那么总公司有义务与实际施工人进行结算。
   • 如果实际施工人是以自己的名义进行施工，或者虽然以总公司的名义施工，但工程款并未通过总公司账户流转，那么结算责任可能就不在总公司，而需要根据实际情况来确定。

3. 相关法律规定：

   • 根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，挂靠行为可能涉及违法分包或转包，如果挂靠协议被认定为无效，那么结算问题就需要根据无效合同的处理原则来解决。一般来说，如果实际施工人完成了施工任务，且工程质量符合要求，那么其有权获得相应的工程款。此时，如果总公司是名义上的承包人，且从发包方处获得了工程款，那么总公司有义务将相应的工程款支付给实际施工人。
   • 另外，如果挂靠行为涉及偷逃税款等违法行为，还可能面临行政处罚甚至刑事责任。因此，在处理结算问题时，还需要考虑法律合规性。

建议：

• 对于总公司而言，在签订挂靠协议时，应明确约定结算主体、结算方式以及违约责任等条款，以避免后续纠纷。
• 对于实际施工人而言，在签订挂靠协议前，应仔细审查协议内容，确保自己的权益得到保障。同时，在施工过程中，应保留好相关证据，如施工记录、验收报告等，以便在结算时提供有力支持。
• 如果双方因结算问题产生纠纷，建议首先通过协商解决；协商不成的，可以寻求法律途径解决，如向法院提起诉讼或申请仲裁等。

可能后果：

• 如果总公司未按照挂靠协议约定或法律规定与实际施工人进行结算，实际施工人有权向法院提起诉讼或申请仲裁，要求总公司支付相应的工程款及利息等费用。
• 如果挂靠行为被认定为违法，双方还可能面临行政处罚甚至刑事责任等后果。因此，在处理挂靠关系时，务必遵守相关法律法规，确保合法合规。

如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。