结论前置：商铺二楼改住宅是否合法，需根据商铺的原始设计、使用规定、当地法律法规以及实际影响等多个因素综合判断。若未经许可改变房屋使用性质，通常视为违法；但若符合特定条件，如经过合法变更、满足“住改商”政策或“三合一”场所规范等，则可能合法。

一、商铺性质与使用规定

1. 原始设计用途：商铺在建设规划及相关审批中，若明确用途仅为商业经营，无居住功能设计和许可，则在商铺二楼住人属于改变房屋使用性质。这违反了《中华人民共和国城乡规划法》及地方相关法规，因为商业建筑与住宅建筑在设计标准和安全要求上存在显著差异。

2. 未经许可的变更：若未经法定程序变更规划用途，将商铺擅自改为住宅，即破坏了区域整体规划布局，可能面临法律制裁。

二、合法变更与“住改商”政策

1. 合法变更程序：若经营者希望将商铺二楼改为住宅，需按照法定程序向规划、住建等相关部门提出申请，并获得将商铺部分区域变更为居住用途的许可。这是确保改造行为合法性的关键步骤。

2. “住改商”政策：部分地区推行“住改商”政策，允许在满足一定条件下，将居住用房改为商业用途，或反之。若商铺符合消防安全、不影响邻里等条件，并办理了相应备案或审批手续，其具备居住功能可能被视为合法。但各地管理规定和标准存在差异，需具体查询当地政策。

三、“三合一”场所规范

1. “三合一”场所定义：“三合一”场所指住宿与生产、仓储、经营等功能违章混合在同一空间内的建筑。若商铺二楼住人，但整体场所严格遵循消防等安全规范，配备必要消防设施、疏散通道等，并达到当地“三合一”场所安全标准，则通常被允许。

2. 安全标准差异：然而，即使满足“三合一”场所规范，也需注意商铺与住宅在建筑设计上的差异。商铺的设计可能无法满足居住的安全、卫生等要求，因此改造前需进行充分评估。

四、对周边环境与居民的影响

1. 噪音与污染问题：商铺二楼住人还需考虑是否对周边环境和居民造成不良影响，如噪音、污染等问题。若影响其他居民正常生活，即使未直接违反法律法规，也可能因扰民而被视为不当行为。

2. 公共设施使用压力：改造行为可能增加公共设施使用压力，如电梯、停车位等。因此，在改造前需与物业管理公司沟通，并获得其他业主的同意或采取相应的补偿措施。

五、法律建议与风险提示

1. 咨询当地部门：在不确定商铺二楼住人是否合法的情况下，建议咨询当地规划、住建等部门或直接向我咨询，以了解具体的法律要求和程序。

2. 遵守法律法规：确保改造行为符合城市规划、房屋结构安全标准以及物业管理规约，并获得相关利益方的同意。这是避免法律风险和经济损失的关键。

3. 风险提示：若未经许可擅自改变房屋使用性质，可能面临罚款、拆除等法律后果。同时，若改造行为影响其他业主权益，还可能引发民事纠纷。

综上所述，商铺二楼改住宅的合法性是一个复杂的问题，需要综合考虑多个因素。在进行此类改造前，请务必咨询当地相关部门或直接向我咨询，以确保改造行为的合法性和安全性。