当您在报案时发现案件已经过了追诉时效，司法机关会根据案件所处的具体阶段以及是否存在特殊情形来依法处理。以下是对此问题的详细解答：
一、一般情况下的处理方式
侦查阶段：
- 公安机关、人民检察院或国家安全机关在接到报案后，会进行初步审查。若发现犯罪行为已经过了追诉时效，根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，将不予立案，并会以书面形式通知您。
- 若在立案后才查明案件已过追诉时效期限，这些机关会撤销案件，停止后续的刑事侦查程序，并及时解除已采取的强制措施。
审查起诉阶段：
- 人民检察院在审查起诉过程中，如果发现案件已过追诉时效，会作出不起诉决定。
- 若案件已移送至法院起诉，检察院可以要求法院退回，并按照上述规定作出不起诉决定。
审判阶段：
- 法院在受理自诉案件后，如果发现犯罪已过追诉时效期限，会裁定不予受理。
- 若案件已进入审理阶段才查明已过追诉时效，法院会终止审理，即诉讼程序不再继续进行。但需要注意的是，这并不涉及对被告人有罪或无罪的判决。
二、特殊情形下的处理
尽管一般情况下案件过了追诉时效将不再追究，但存在以下特殊情形时，仍可依法进行追诉：
最高检核准追诉：
- 对于法定最高刑为无期徒刑、死刑的犯罪，如果经过二十年追诉期限后，认为必须追诉，可以报请最高人民检察院核准。经最高检核准后，即便已过通常的追诉时效，司法机关仍可依法追诉。
不受追诉期限限制的情形：
- 如果在人民检察院、公安机关、国家安全机关立案侦查或者在人民法院受理案件以后，犯罪嫌疑人逃避侦查或者审判，那么不受追诉期限的限制。
- 另外，如果被害人在追诉期限内提出控告，而人民法院、人民检察院、公安机关应当立案而不予立案，同样不受追诉期限的限制。在这两种情况下，即使从犯罪行为发生时起算已过追诉时效，仍然可以对犯罪嫌疑人或被告人进行追诉。
三、民事领域的救济途径
虽然刑事案件可能因追诉时效而无法进行，但您作为受害者，仍可以通过民事诉讼途径要求犯罪嫌疑人承担民事责任，如赔偿损失等。民事诉讼的时效规定与刑事追诉时效不同，因此即使刑事案件无法追诉，您仍有可能在民事领域获得救济。
四、建议与总结
咨询专业法律人士：由于法律问题具有复杂性和专业性，建议您在遇到此类情况时咨询专业的法律人士或机构，以获取准确的法律意见。
了解并维护自身权益：在了解案件已过追诉时效后，您可以根据自身情况考虑是否通过民事诉讼等途径来维护自己的合法权益。
关注特殊情形：如果案件存在上述特殊情形，如最高检核准追诉或不受追诉期限限制的情况，您应及时向司法机关提供相关信息，以便他们依法处理。
综上所述，案件过了追诉时效后的处理方式因案件所处的具体阶段和是否存在特殊情形而异。在实际操作中，应严格遵循相关法律法规的规定，确保司法公正与效率。