结论：协商解除劳动合同中约定“如果违规就不发补偿金”，并不必然需要再发单独通知，但具体是否需要通知取决于双方协商的结果以及合同条款的明确性。以下从不同角度进行分析：

1. 合同条款的明确性

• 如果合同条款已经明确且具体：即合同中已经详细列明了哪些行为构成“违规”，以及违规后将不发放补偿金的具体后果，那么在这种情况下，通常不需要再发单独通知。因为合同本身已经对双方的权利义务进行了明确约定，双方应当按照合同约定履行。
• 如果合同条款存在模糊或不明确之处：例如，合同中仅笼统地提到“违规将不发放补偿金”，但未具体说明哪些行为构成违规，或者违规后的具体处理方式，那么在这种情况下，为了保障员工的知情权，避免后续纠纷，用人单位最好在协商解除劳动合同时，就违规的具体情形和不发放补偿金的后果向员工进行明确说明，并可以考虑以书面形式进行确认。

2. 双方协商的结果

• 如果双方在协商过程中已经就违规和不发放补偿金的事项达成了一致意见，并且这一意见已经明确体现在解除劳动合同的协议中，那么不需要再发单独通知。因为双方已经通过协商，对合同条款进行了确认和补充。
• 如果双方在协商过程中对此事项存在争议或未达成一致意见，那么用人单位在最终确定解除劳动合同协议时，应当确保协议内容明确、具体，并且符合法律法规的规定。在这种情况下，如果用人单位决定不发放补偿金，最好在协议中明确说明原因，并考虑以书面形式向员工进行通知，以避免后续纠纷。

3. 法律法规的要求

• 根据《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规的规定，用人单位在解除劳动合同时，应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致的原则，并且不得违反法律法规的强制性规定。如果合同中的“违规就不发补偿金”条款违反了法律法规的强制性规定（如未依法支付经济补偿等），那么该条款将无效，用人单位仍然需要依法支付经济补偿。
• 此外，如果用人单位未依法履行通知义务（如未提前通知员工解除劳动合同等），也可能需要承担相应的法律责任。因此，在协商解除劳动合同时，用人单位应当确保自己的行为符合法律法规的要求。

4. 实际操作建议

• 为了保障双方的权益和避免后续纠纷，建议在协商解除劳动合同时，双方应当就合同条款进行充分沟通和协商，确保合同内容明确、具体、合法。
• 如果合同中涉及“违规就不发补偿金”等敏感条款，用人单位最好在协商过程中向员工进行明确说明，并考虑以书面形式进行确认和通知。
• 如果双方对合同条款存在争议或无法达成一致意见，可以寻求专业律师的帮助进行调解或协商解决。

最后，协商解除劳动合同中的“违规就不发补偿金”条款并不必然需要再发单独通知，但具体是否需要通知取决于双方协商的结果以及合同条款的明确性。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。