结论：房子已在儿子名下，从法律意义上讲，该房产已经属于儿子的个人财产，此时再写赠与协议在法律上并无实际意义，因为赠与协议通常用于将赠与人名下的财产转移给受赠人。不过，我们可以从几个不同角度来详细分析这个问题。
房产已登记在儿子名下的法律效果：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力。因此，一旦房产登记在儿子名下，即视为儿子已经取得了该房产的所有权。
- 在这种情况下，父母再写赠与协议，实际上是将已经属于儿子的财产再次“赠与”给他，这在法律上是不必要的，也是无法产生新的法律效果的。
赠与协议的法律性质与目的：
- 赠与协议是赠与人将自己的财产无偿给予受赠人，受赠人表示接受赠与的协议。其目的在于明确赠与人与受赠人之间的权利义务关系，确保赠与行为的合法性和有效性。
- 在房产已经登记在儿子名下的情况下，赠与协议无法起到转移房产所有权的作用，因为所有权已经通过登记行为转移给了儿子。
可能存在的特殊情况与考虑：
- 如果父母与儿子之间有特殊的约定或安排，比如父母希望保留对房产的某些权益（如居住权、收益权等），或者希望在未来某个时间点将房产收回等，这些可以通过其他法律文件（如居住权协议、借款协议等）来实现，而不是通过赠与协议。
- 另外，如果房产虽然登记在儿子名下，但实际上是由父母出资购买的，且父母与儿子之间有明确的约定或口头协议表明房产的实际所有权仍属于父母，那么在这种情况下，父母可以考虑通过法律途径（如诉讼）来确认房产的实际所有权归属。但这种情况需要充分的证据支持，且法律程序可能相对复杂。
法律建议：
- 鉴于房产已经登记在儿子名下，父母无需再写赠与协议。如果父母希望对房产进行某种安排或保留某些权益，建议咨询专业律师，根据具体情况制定合适的法律方案。
- 如果父母与儿子之间存在关于房产的争议或纠纷，建议通过协商、调解或诉讼等合法途径解决，以维护双方的合法权益。
总结：房子已在儿子名下时，再写赠与协议在法律上并无实际意义。父母应根据具体情况和需求，考虑通过其他法律文件或途径来实现对房产的安排或保留权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。