结论：在刑事案件执行通知书中，案由标注为罚金，但内容里除了罚金还有退赔金额，且都超过两年执行期限的情况，可能涉及多个法律层面的原因和考量。以下从不同角度为您详细分析：

1. 执行内容的综合性：

   • 在刑事案件中，执行通知书的内容往往不仅限于单一的罚金执行。如果案件涉及财产刑，如罚金和退赔被害人损失，那么执行通知书可能会同时包含这两项内容。这是因为罚金和退赔都是对犯罪行为的经济制裁方式，旨在弥补犯罪行为给社会或被害人造成的损失。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还；违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。没收的财物和罚金，一律上缴国库，不得挪用和自行处理。因此，执行通知书中同时包含罚金和退赔金额是合法的。

2. 执行期限的延长或中断：

   • 执行期限并非绝对固定，可能因各种原因而延长或中断。例如，如果被执行人没有可供执行的财产，或者财产难以查找、处置，执行法院可能会裁定中止执行，待条件成就后再恢复执行。这种情况下，执行期限就会相应延长。
   • 特殊情况：另外，如果被执行人在执行期间提出申诉或申请再审，且案件被受理，执行程序也可能会暂时中止。此外，如果双方当事人达成执行和解协议，且协议在履行过程中，执行程序也会相应中止或延长。

3. 执行通知书的制作与送达：

   • 执行通知书的制作和送达需要遵循一定的法律程序。如果制作或送达过程中出现延误或错误，也可能导致执行期限看似“超过”。但实际上，这并不影响执行的合法性和有效性，只是执行程序上的一个环节出现了问题。
   • 纠正措施：如果发现执行通知书存在错误或延误，执行法院应及时采取纠正措施，如重新制作并送达执行通知书，以确保执行程序的顺利进行。

4. 针对您情况的具体建议：

   • 核实执行情况：首先，建议您核实一下执行通知书的具体内容，确认罚金和退赔金额是否确实都包含在内，以及执行期限是否确实已经超过两年。
   • 咨询执行法院：其次，您可以向执行法院咨询执行进展情况，了解执行期限延长或中断的具体原因，以及后续的执行计划。
   • 寻求法律援助：如果您对执行过程或结果有异议，或者认为自己的合法权益受到了侵害，可以寻求专业的法律援助，如聘请律师代理申诉或申请再审等。

后续行动建议：在处理此类问题时，建议您保持与执行法院的密切沟通，及时了解执行进展情况，并根据实际情况采取相应的法律措施。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。