结论：老板将其他公司的专利用在另外一家公司申请，这一行为是否合法，取决于多种因素，包括专利的归属、使用方式、是否获得授权等。一般情况下，未经专利权人许可，擅自使用其专利并在其他公司申请，是违法的。以下从不同角度进行详细分析：
一、专利权的归属与保护
专利权归属：专利权是依法授予专利权人对其发明创造在一定期限内享有的独占实施权。这意味着，只有专利权人或经其授权的人才有权使用、制造、销售或许可他人使用该专利。
专利权保护：根据《中华人民共和国专利法》的相关规定，未经专利权人许可，实施其专利，即侵犯其专利权，引起纠纷的，由当事人协商解决；不愿协商或者协商不成的，专利权人或者利害关系人可以向人民法院起诉，也可以请求管理专利工作的部门处理。
二、使用其他公司专利的合法性分析
未经授权的使用：如果老板未经专利权人许可，擅自使用其他公司的专利，并在另外一家公司申请相关权益，这明显侵犯了原专利权人的独占实施权，是违法的。
获得授权的使用：如果老板通过合法途径（如签订许可使用合同）获得了原专利权人的授权，那么他在授权范围内使用该专利并在其他公司申请相关权益，则是合法的。但需要注意的是，即使获得授权，也必须严格按照授权的范围和条件使用专利，不得超出授权范围或违反授权条件。
三、可能的法律后果
民事责任：如果老板的行为构成专利侵权，他可能需要承担停止侵权、赔偿损失等民事责任。赔偿数额通常按照权利人因被侵权所受到的实际损失确定；实际损失难以确定的，可以按照侵权人因侵权所获得的利益确定。
行政责任：管理专利工作的部门在处理专利侵权纠纷时，有权责令侵权人立即停止侵权行为，并可以处以罚款等行政处罚。
刑事责任：在严重情况下，如果老板的行为构成犯罪（如假冒专利罪），他还可能需要承担刑事责任。
四、建议与措施
核实专利权归属：在涉及专利使用或申请前，务必核实专利权的归属情况，确保自己有权使用或申请该专利。
获得合法授权：如果需要使用其他公司的专利，应通过合法途径获得授权，并签订详细的许可使用合同，明确双方的权利和义务。
咨询专业律师：在涉及专利等复杂法律问题时，建议咨询专业律师的意见，以确保自己的行为合法合规。
最后，专利权是重要的知识产权之一，受到法律的严格保护。在涉及专利使用或申请时，务必谨慎行事，确保自己的行为合法合规。如果您有任何关于知识产权或专利权的问题，欢迎直接向我咨询。