关于商标侵权按照《商标法》第六十条第二款不予处罚时是否要没收违法所得的问题，结论如下：

1. 不予处罚不意味着不采取任何措施：

   • 根据《商标法》第六十条第二款，如果市场监督管理部门或工商行政管理部门认为侵权行为情节轻微，且侵权人能够证明其无主观故意或存在其他法定免责事由，可能会决定不予行政处罚。但“不予处罚”并不等同于不采取任何措施。
   • 在这种情况下，执法机关仍然会责令侵权人停止侵权行为，并可能没收侵权商品以及主要用于制造侵权商品或伪造注册商标标识的工具。这是为了防止侵权商品继续流入市场，保护消费者权益和商标专用权。

2. 关于违法所得的没收：

   • 没收违法所得是行政处罚的一种形式，通常与罚款等处罚措施并用。然而，在《商标法》第六十条第二款规定的“不予处罚”情形下，由于已经认定侵权行为情节轻微或存在免责事由，因此可能不会同时处以罚款和没收违法所得。
   • 但需注意，如果侵权行为虽然情节轻微，但侵权人通过侵权行为获得了违法所得，且这部分所得与侵权行为直接相关，执法机关在责令停止侵权行为的同时，仍有可能根据具体情况决定是否没收违法所得。这取决于侵权行为的性质、情节以及执法机关的裁量权。

3. 实际操作中的考量因素：

   • 在实际操作中，执法机关会综合考虑多种因素来决定是否没收违法所得，包括侵权行为的性质、情节、持续时间、侵权人的主观故意程度、是否对商标专用权人造成了实际损害等。
   • 如果侵权人能够积极配合执法机关的调查，主动停止侵权行为，并采取措施消除不良影响，执法机关可能会酌情减轻或免除对其的处罚，包括没收违法所得。

4. 法律建议：

   • 对于商标侵权行为，无论情节轻重，都应尽快停止侵权行为，并主动与商标专用权人协商解决纠纷，以避免不必要的法律风险和经济损失。
   • 如果面临执法机关的调查或处罚决定，应及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，并根据律师的建议采取相应的法律措施。

总结来说，商标侵权按照《商标法》第六十条第二款不予处罚时，是否要没收违法所得取决于侵权行为的性质、情节以及执法机关的裁量权。在实际操作中，执法机关会综合考虑多种因素来做出决定。因此，建议企业在面对商标侵权问题时，务必严格遵守相关法律法规，尊重他人的注册商标专用权，以避免不必要的法律风险和经济损失。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。