核心结论：在工厂发生工伤后，若公司已为员工购买工伤保险，通常先由公司垫付相关费用，后续保险公司会将理赔款支付给公司；但若公司未依法购买工伤保险，则所有费用需由公司自行承担。以下分情况详细说明：

1. 公司已依法购买工伤保险的情况
   根据《工伤保险条例》及地方实施细则，员工发生工伤后，公司需在30日内向社保部门申请工伤认定，并先行垫付医疗费、停工留薪期工资等费用。待社保部门审核后，工伤保险基金会将理赔款（如医疗费、一次性伤残补助金等）直接支付至公司账户，由公司转交员工或用于抵扣垫付款。若公司未及时申请工伤认定，导致员工无法享受工伤保险待遇，公司需自行承担全部费用。

2. 公司未购买工伤保险的情况
   若公司未依法为员工缴纳工伤保险，根据《工伤保险条例》第六十二条，所有工伤待遇（包括医疗费、伤残补助金、一次性医疗补助金等）均需由公司自行承担。此时不存在保险公司理赔的环节，员工可直接要求公司支付全部费用，若公司拒绝，员工可通过劳动仲裁或诉讼维权。

3. 特殊情形：第三方责任导致的工伤
   若工伤由第三方（如设备供应商、运输公司等）造成，员工可同时主张工伤保险待遇和民事侵权赔偿（即“双赔”）。此时公司垫付费用后，工伤保险基金可能要求公司追偿（如医疗费已由第三方赔偿的部分），但伤残补助金、误工费等可重复获赔。

实务建议：

• 员工应保留所有医疗票据、工伤认定书、劳动能力鉴定结论等证据，以便后续主张权益；
  
• 公司需在事故发生后立即启动工伤认定程序，避免因逾期申请导致责任自担；
  
• 若对理赔流程或费用分担有争议，可向当地社保部门或劳动监察部门投诉，或通过法律途径解决。
  

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