工程合同约定不含税在一定条件下是合法的，但关键在于合同双方的约定必须明确、合法，且需确保税务处理合规，避免逃税行为。以下从多个角度进行详细分析：
合法性分析
合同自由原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同内容由当事人约定，双方可以在协商一致的基础上，对合同价款是否包含税费等事项作出约定。因此，工程合同中明确写明不含税并不直接违反法律法规的强制性规定。
税收法规：
- 《中华人民共和国企业所得税法》和《中华人民共和国税收征收管理法》等税收法律法规并未明确规定企业的报价必须含税。所以，从法律角度来看，施工方在报价时选择不含税并不违法。
纳税义务：
- 依法纳税是企业和公民的法定义务，不能通过合同约定来规避。如果施工方本身具有法定的纳税义务，却通过约定合同不含税费的方式来逃避纳税，这种约定可能会被认定为无效，并面临税务机关的处罚。
合理性分析
合同约定明确性：
- 工程合同双方应明确约定报价是否含税，以及税费的承担方式。如果双方明确约定合同价款不包含税费，且这种约定是双方真实的意思表示，不违反法律法规的强制性规定，那么这样的约定是合理有效的。
税务处理合规性：
- 施工方在选择报价不含税时，需要确保自身的税务处理合规，即按照法律规定进行纳税申报和缴纳税款，避免因报价方式不当而引发税务风险。
实际操作建议与风险提示
明确约定税金承担：
- 在签订工程合同时，双方应明确税金的承担方，避免后续因税费问题产生纠纷。如果约定由发包方承担，那么发包方需要支付相应的税金；若合同未明确约定，税金通常视为施工方的经营成本，由其自行承担。
详细约定相关条款：
- 为避免纠纷，双方应在合同中详细约定价格是否含税、税费的承担方式、具体的纳税流程以及违约责任等事项，确保合同内容的完整性和明确性。
经济与法律风险：
- 对于发包方而言，如果合同不含税费，可能需要额外承担一部分税费，增加工程成本。同时，若施工方未依法纳税，发包方可能会因合同约定不清晰而被牵连，面临法律纠纷。
- 对于施工方而言，逃避纳税义务是违法行为，可能会面临税务机关的处罚，包括罚款、滞纳金等，严重的甚至可能承担刑事责任，同时也会影响公司的信誉和市场竞争力。
总结来说，工程合同约定不含税本身并不违法，但关键在于合同双方的约定必须明确、合法，并且施工方需确保税务处理合规。在签订合同时，双方应充分考虑税费问题，明确约定税金的承担方式和纳税流程，以避免潜在的经济和法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。