针对您提出的“门店销售奶粉厂家恶意罚款怎么处理”这一问题，首先需要明确的是，如果厂家对门店的罚款是基于门店存在售卖假奶粉或其他违法违规行为，并且这种罚款行为有明确的合同依据或法律规定，那么这并非“恶意罚款”，而是合法的处罚措施。不过，若您认为厂家的罚款行为缺乏合理依据或存在恶意，您可以按照以下步骤来处理：

一、核实罚款依据

1. 检查合同：首先，您需要仔细审查与厂家签订的销售合同或相关协议，查看其中是否有关于罚款的条款，以及这些条款是否明确、合理。

2. 了解法规：同时，您也需要了解相关法律法规，特别是关于消费者权益保护、产品质量安全以及合同法的规定，以判断厂家的罚款行为是否合法。

二、与厂家沟通

1. 提出异议：如果您认为厂家的罚款行为缺乏合理依据或存在恶意，您可以与厂家进行沟通，提出您的异议，并要求厂家提供罚款的详细依据和计算方式。

2. 协商解决：在沟通过程中，您可以尝试与厂家协商解决，看是否能够达成一个双方都能接受的解决方案，比如减少罚款金额、分期支付罚款等。

三、寻求法律援助

1. 咨询律师：如果与厂家的沟通没有结果，或者您认为厂家的罚款行为严重侵犯了您的合法权益，您可以咨询专业律师，了解您的法律权益和可能的维权途径。

2. 提起诉讼：在律师的指导下，如果您认为有必要，可以向法院提起诉讼，要求法院对厂家的罚款行为进行审查，并作出公正的判决。

四、注意事项

1. 保留证据：在整个处理过程中，您需要保留好所有与罚款相关的证据，包括合同、罚款通知、沟通记录等，以便在需要时提供证明。

2. 遵守法律：无论处理结果如何，您都需要遵守相关法律法规，确保门店的经营活动合法合规，避免再次出现类似问题。

五、预防措施

为了避免未来再次出现类似问题，您可以采取以下预防措施：

1. 加强合同管理：在签订销售合同或相关协议时，确保合同条款明确、合理，并特别注意关于罚款的条款。

2. 提高产品质量：加强门店的产品质量管理，确保所销售的奶粉符合相关法律法规和标准要求，减少因产品质量问题而引发的罚款风险。

3. 建立良好沟通机制：与厂家建立良好的沟通机制，及时了解厂家的政策和要求，避免因信息不对称而引发的误解和纠纷。

总之，面对厂家的罚款行为，您需要保持冷静、理性处理，通过核实罚款依据、与厂家沟通、寻求法律援助等途径来维护自己的合法权益。同时，也需要加强合同管理、提高产品质量和建立良好沟通机制等预防措施来避免未来再次出现类似问题。