母婴店因奶粉低价销售被公司罚款是否合法，需分情况讨论，核心判断依据在于公司是否具备合法处罚权以及处罚依据是否充分。具体分析如下：

1. 若公司为品牌方或经销商，且与母婴店存在合同关系（如经销协议、授权合同等），需审查合同条款
   若合同中明确约定“禁止低价销售”或“统一零售价”条款，并赋予公司对违规行为进行罚款的权利（通常表现为“违约金”或“违约赔偿”），则公司罚款可能具有合法性基础。但需注意：

   • 罚款金额需合理，不得超过实际损失的30%（根据《民法典》第585条，违约金过高可请求法院调整）；
     
   • 公司需证明母婴店确实存在低价销售行为（如价格监测记录、销售凭证等）；
     
   • 合同条款不得违反《反垄断法》中关于“纵向价格垄断”的规定（如品牌方强制要求经销商维持转售价格，可能被认定为垄断行为）。

2. 若公司无合同依据或合同未约定罚款条款，则罚款行为缺乏合法性
   根据《行政处罚法》，仅行政机关（如市场监管部门）有权对违法行为进行罚款，企业无权自行设立罚款规则。若公司以“内部规定”为由罚款，母婴店可拒绝支付，并可通过以下途径维权：

   • 向公司提出书面异议，要求撤销罚款决定；
     
   • 向当地市场监管部门投诉（若公司行为涉嫌不正当竞争或垄断）；
     
   • 提起民事诉讼，主张公司行为构成违约或侵权，要求返还罚款并赔偿损失。

3. 特殊情形：公司为平台运营商（如电商平台）
   若母婴店通过公司平台销售奶粉，需遵守平台规则。若平台规则明确禁止低价销售并设定处罚措施（如扣分、限制流量等），通常属于合同范畴，但直接罚款仍需符合《民法典》中关于违约金的规定。若平台以“罚款”名义扣款，可能涉嫌违规，母婴店可要求平台提供合法依据或向监管部门举报。

建议行动步骤：

1. 核查与公司的合同或协议，确认是否存在低价销售限制及罚款条款；
   
2. 收集证据（如销售记录、公司罚款通知、沟通记录等）；
   
3. 根据合同条款和证据情况，与公司协商或通过法律途径解决。
   

如有进一步细节（如合同内容、罚款金额等），可向我补充说明，我会为您具体分析。