国企有反对意见并不必然导致其不能支付工程款，是否支付工程款需根据反对意见的具体内容、合同约定以及相关法律法规进行综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定角度
合同明确约定支付条件：
- 如果建设工程合同中明确约定了工程款的支付条件，如工程进度、质量验收等，且这些条件已经满足，那么国企的反对意见（除非涉及合同变更或解除等法定情形）通常不能成为拒绝支付工程款的合法理由。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第五百零九条，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。国企作为合同一方，应遵守合同约定，按时支付工程款。
合同未明确约定或约定不明：
- 如果合同对工程款的支付条件约定不明确或存在争议，国企的反对意见可能成为双方协商或诉讼的焦点。此时，需根据合同的其他条款、交易习惯以及相关法律法规进行推断和解释。
- 建议：在合同签订时，应尽可能明确工程款的支付条件、时间、方式等，以减少后续争议。
二、反对意见内容角度
反对意见涉及工程质量问题：
- 如果国企的反对意见是基于工程质量问题，且这些问题确实存在且影响工程款的支付，那么国企有权根据合同约定或相关法律法规拒绝支付或要求减少工程款。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第七百九十九条，建设工程竣工经验收合格后，方可交付使用；未经验收或者验收不合格的，不得交付使用。如果工程质量不合格，国企有权要求承包人进行修复或承担相应责任。
反对意见涉及合同变更或解除：
- 如果国企的反对意见涉及合同变更或解除，且这些变更或解除符合合同约定或相关法律法规的规定，那么国企可能无需支付全部或部分工程款。但需注意，合同变更或解除需经双方协商一致或符合法定情形。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第五百四十三条至第五百六十六条，当事人协商一致可以变更合同；符合法定情形的，当事人可以解除合同。合同变更或解除后，尚未履行的部分终止履行；已经履行的部分，根据履行情况和合同性质，当事人可以请求恢复原状或者采取其他补救措施，并有权请求赔偿损失。
反对意见无合法依据：
- 如果国企的反对意见缺乏合法依据，如仅因内部管理问题或个人偏见而拒绝支付工程款，那么这种反对意见通常不能成为拒绝支付的合法理由。此时，承包人可以通过法律途径维护自己的合法权益。
三、法律程序角度
协商解决：
- 在发生争议时，双方应首先尝试通过协商解决。通过友好沟通，可以明确各自的权利和义务，寻求双方都能接受的解决方案。
诉讼或仲裁：
- 如果协商无果，承包人可以向法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁，要求国企支付工程款。在诉讼或仲裁过程中，法院或仲裁机构将根据合同约定、相关法律法规以及双方提供的证据进行裁决。
总结与建议：国企有反对意见并不必然导致其不能支付工程款。是否支付工程款需根据反对意见的具体内容、合同约定以及相关法律法规进行综合判断。在处理此类争议时，建议承包人首先审查合同条款，明确双方的权利和义务；其次，收集相关证据，如工程进度报告、质量验收报告等；最后，通过协商、诉讼或仲裁等法律途径维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。