结论：执行案件终本后，被执行人一般不能对超过执行时效提出异议，但在特定情形下，如存在法定事由导致时效中断或中止，且在终本前未提出异议的，理论上仍有可能提出相关主张，但实践中存在较大难度和不确定性。以下从不同角度进行详细分析：
执行时效的基本规定：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，申请执行的期间为二年。申请执行时效的中止、中断，适用法律有关诉讼时效中止、中断的规定。这意味着，如果申请执行人在法定期限内未申请执行，且不存在时效中断或中止的法定事由，则其申请执行的权利将因时效届满而丧失。
执行案件终本的含义：
- 执行案件终本，即终结本次执行程序，是指人民法院在穷尽财产调查措施后，未发现被执行人有可供执行的财产，或者发现的财产不能处置，且申请执行人同意终结本次执行程序的，人民法院可以裁定终结本次执行程序。终本并不意味着执行程序的完全终结，而是暂时中止，待发现被执行人有可供执行的财产时，申请执行人可以申请恢复执行。
被执行人对超过执行时效提出异议的可行性：
- 一般情况：在执行案件终本后，如果申请执行人的申请执行时效已经届满，且不存在时效中断或中止的法定事由，被执行人理论上可以提出超过执行时效的异议。然而，由于执行案件已经终本，且被执行人未在执行过程中提出该异议，实践中法院可能不会单独就执行时效问题进行审查，而是更侧重于审查是否存在可供执行的财产。
- 特殊情况：如果存在法定事由导致执行时效中断或中止（如申请执行人与被执行人达成和解协议、被执行人履行部分义务等），且这些事由在终本前未得到充分认定或处理，被执行人理论上仍有可能在终本后提出相关主张。但这种情况下，被执行人需要提供充分的证据证明时效中断或中止的事实，且法院会结合案件具体情况进行综合判断。
实践中的操作难度和不确定性：
- 即使被执行人认为存在超过执行时效的情形，并希望提出异议，但在实践中，由于执行案件已经终本，且法院可能更关注于恢复执行的可能性，被执行人提出异议的难度较大。
- 此外，执行时效问题涉及复杂的法律判断和证据认定，被执行人需要承担举证责任，证明时效中断或中止的事实。如果证据不足或存在争议，法院可能不会支持被执行人的异议主张。
建议：
- 对于被执行人而言，如果认为存在超过执行时效的情形，并希望提出异议，建议及时咨询专业律师，评估案件具体情况和证据情况，制定合适的策略。
- 同时，被执行人也应积极配合法院的执行工作，如实申报财产状况，避免因逃避执行而承担更严重的法律后果。
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