公司扣发员工的十三薪是否违法，需根据具体情况来判断。以下是从不同角度进行的分析：
劳动合同或公司规章制度中有明确约定：
- 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了十三薪的发放条件和标准，且公司扣发十三薪的行为违反了这些约定或规定，那么公司的行为就是违法的。例如，合同中约定员工在年底在职即可获得十三薪，而公司却无故扣发，这就构成了违约。
劳动合同或公司规章制度中未明确约定：
- 如果劳动合同或公司规章制度中没有明确规定十三薪的发放，那么公司是否扣发十三薪就不一定构成违法。十三薪通常被视为一种额外的福利或奖励，而非法定的工资组成部分。因此，在没有明确约定的情况下，公司有权根据自身的经营状况和员工的表现来决定是否发放十三薪。
公司扣发十三薪的合法性还需考虑其他因素：
- 即使劳动合同或公司规章制度中没有明确规定十三薪的发放，但如果公司扣发十三薪的行为违反了劳动法的相关规定，如未按照法定程序进行工资调整、未与员工协商一致等，那么公司的行为仍然可能是违法的。
- 另外，如果公司扣发十三薪是基于员工违反公司规章制度或法律法规的原因，且这种扣发行为在合同或规章制度中有相应的规定或法律依据，那么公司的行为可能是合法的。但即便如此，公司也需要确保扣发的程序合法、合理，并保留好相关证据。
法律建议：
- 如果你认为公司扣发十三薪的行为违法，首先可以查阅你的劳动合同和公司规章制度，了解其中关于十三薪的约定或规定。
- 如果合同或规章制度中有明确约定，而公司却违反了这些约定，你可以与公司进行协商，要求公司按照约定发放十三薪。
- 如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
可能法律后果：
- 如果公司扣发十三薪的行为被认定为违法，公司可能需要承担补发工资、支付经济补偿金等法律责任。
- 同时，公司的违法行为还可能受到劳动监察部门的处罚，影响公司的声誉和经营。
总之，公司扣发员工的十三薪是否违法，需根据具体情况来判断。如果你对此有疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供详细的法律建议。