结论：在总公司签订合同但由分公司对账的情况下，若发生纠纷，可以同时起诉总公司和分公司，但具体是否需要同时起诉或选择起诉其中一方，需根据分公司的财产状况、合同条款以及相关法律法规的规定来综合判断。
法律依据与详细分析
分公司的法律地位与责任承担
- 根据《中华人民共和国民法典》第七十四条，法人可以依法设立分支机构。分支机构以自己的名义从事民事活动，产生的民事责任由法人（即总公司）承担；也可以先以该分支机构管理的财产承担，不足以承担的，由法人承担。
- 分公司作为总公司的分支机构，不具有独立的法人资格，其民事责任最终由总公司承担。
可以同时起诉总公司和分公司的情形
- 分公司有财产可供执行：若分公司拥有一定的财产，且这些财产足以承担因合同纠纷而产生的部分或全部责任，债权人可以选择同时起诉总公司和分公司。这样做的好处是，可以先以分公司的财产承担责任，不足部分再由总公司承担，从而更全面地保障债权人的权益。
- 合同或法律有特别规定：如果合同中明确约定了总公司和分公司对合同债务承担连带责任，或者法律有相关规定（如某些特定行业的监管规定），债权人可以直接起诉总公司和分公司，要求它们共同承担责任。
- 便于查明事实和执行：在某些情况下，同时起诉总公司和分公司可能更有利于查明案件事实（如分公司实际参与了合同履行但合同由总公司签订）和后续的执行工作（如分公司有财产但不足以清偿全部债务，而总公司有补充清偿能力）。
仅起诉总公司或分公司的情形
- 仅起诉分公司：若分公司财产足以承担全部责任，且债权人认为无需总公司参与诉讼即可解决问题，可以选择仅起诉分公司。但需注意，若分公司财产不足，债权人可能需另行起诉总公司。
- 仅起诉总公司：在分公司未实际参与合同履行、合同明确约定由总公司承担全部责任，或债权人认为直接起诉总公司更为简便高效的情况下，可以选择仅起诉总公司。但需做好分公司财产不足时执行总公司财产的准备。
实际操作建议
- 调查分公司财产状况：在决定起诉前，务必调查清楚分公司的财产状况，包括其银行账户、房产、车辆等资产情况。这有助于判断是否有必要同时起诉总公司和分公司。
- 审查合同条款：仔细审查合同条款，特别是关于责任承担、争议解决方式等条款。这有助于确定起诉对象和诉讼策略。
- 准备充分证据：收集并整理与合同纠纷相关的所有证据材料，包括合同文本、对账记录、付款凭证、通信记录等。这些证据将有助于证明你的主张并支持你的诉讼请求。
- 寻求专业法律帮助：在处理此类复杂法律纠纷时，建议寻求专业律师的帮助。律师将根据你的具体情况和法律法规的规定，为你提供针对性的法律建议和诉讼策略。
可能的法律后果
- 若同时起诉总公司和分公司且胜诉，法院将判决总公司和分公司共同承担责任。具体执行时，先以分公司的财产承担责任，不足部分由总公司承担。
- 若仅起诉分公司且胜诉，但分公司财产不足清偿全部债务，你可能需另行起诉总公司要求补充清偿。
- 若仅起诉总公司且胜诉，总公司需承担全部责任。但若总公司财产不足或存在其他执行障碍（如总公司已破产或下落不明），你的权益可能难以得到充分保障。
综上所述，在总公司签订合同但由分公司对账的情况下发生纠纷时，你可以根据具体情况选择同时起诉总公司和分公司或仅起诉其中一方。但无论选择哪种方式起诉，都需做好充分的准备和调查工作以确保你的权益得到有效保障。