在建设工程施工合同纠纷中，申请鉴定的时间主要取决于案件的具体进展和法院的安排，但通常有几个关键的时间节点可以考虑：

1. 一审阶段申请鉴定：

   • 起诉后至举证期限届满前：在提起诉讼后，当事人通常需要在法院指定的举证期限内提交证据。如果认为需要对某些专业问题（如工程质量、工程造价等）进行鉴定，可以在此期限内提出鉴定申请。这是最常见的申请鉴定时间，有助于法院在审理过程中及时获取专业意见，为案件判决提供依据。
   • 举证期限届满后，但法院认为有必要鉴定的：即使举证期限已经届满，如果法院认为案件中的某些问题需要通过鉴定来明确，仍然可以允许当事人提出鉴定申请。这种情况下，法院会综合考虑案件情况，决定是否接受申请并安排鉴定。

2. 二审阶段申请鉴定：

   • 原则上二审不接受新证据，但特殊情况除外：在二审阶段，法院通常不接受新的证据，包括鉴定申请。然而，如果一审中未提出鉴定申请，且二审中出现了新的证据或情况，使得鉴定成为必要，或者一审中提出的鉴定申请被错误地驳回，二审法院可能会考虑接受鉴定申请。但这种情况较为特殊，需要满足严格的条件。

3. 申请鉴定的具体流程：

   • 提交书面申请：当事人需要向法院提交书面的鉴定申请，明确鉴定的目的、范围、对象等关键信息。
   • 法院审查：法院会对鉴定申请进行审查，判断其是否必要、合理，并决定是否接受申请。
   • 选定鉴定机构：如果法院接受鉴定申请，会组织双方当事人协商选定鉴定机构，或者通过摇号等方式随机选定。
   • 进行鉴定：鉴定机构会按照法院的要求进行鉴定，并出具鉴定报告。
   • 质证与采纳：鉴定报告出具后，法院会组织双方当事人进行质证，并根据质证情况决定是否采纳鉴定报告作为判决的依据。

法律建议：

• 及时提出申请：如果认为案件中的某些问题需要通过鉴定来明确，应尽早向法院提出鉴定申请，以免错过最佳时机。
• 准备充分材料：在提出鉴定申请时，应准备充分的材料来支持自己的主张，包括相关证据、鉴定目的和范围等。
• 积极配合鉴定：如果法院接受了鉴定申请，应积极配合鉴定机构的工作，提供必要的协助和资料，以确保鉴定的顺利进行。

可能后果：

• 如果未及时提出鉴定申请：可能导致法院在审理过程中无法获取关键的专业意见，从而影响案件的判决结果。
• 如果鉴定申请被驳回：需要分析驳回的原因，并考虑是否通过其他途径来证明自己的主张，或者接受法院的判决结果。

在处理建设工程施工合同纠纷时，申请鉴定是一个重要的环节。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。