结论：在您有挂靠协议的情况下，法院是否可以扣您的车，取决于多个因素，包括挂靠协议的具体内容、债权人的诉求以及法院的判决等。以下是对此问题的详细分析：

一、挂靠协议的法律效力

挂靠协议是您与车辆名义所有人之间就车辆挂靠事宜达成的协议，它明确了双方的权利和义务。在法律上，只要挂靠协议不违反法律法规的强制性规定，不损害国家、集体或第三人的利益，且是双方真实意思的表示，那么该协议就是有效的。这意味着，挂靠协议可以作为您主张车辆所有权或使用权的重要依据。

二、法院扣车的法律依据

法院在执行过程中，有权根据债权人的申请，对被执行人的财产进行查封、扣押、冻结等措施。然而，法院扣车的行为必须基于合法的执行依据，即法院的生效判决、裁定或其他法律文书。如果债权人仅凭借款合同或其他债权凭证，而未经法院判决确认债权，那么法院通常不会直接扣车。

三、挂靠协议对法院扣车的影响

1. 如果挂靠协议明确约定车辆实际归您所有，且该协议在法院执行前已经存在并合法有效：

   • 在这种情况下，您可以向法院提出执行异议，主张车辆的实际所有权，并请求法院停止对车辆的扣押或拍卖。
   • 法院在审查您的执行异议后，如果认为您的主张成立，可能会裁定中止对车辆的执行。

2. 如果挂靠协议存在瑕疵或未明确约定车辆所有权归属：

   • 在这种情况下，法院可能会根据车辆登记信息、购车发票等证据来判断车辆的所有权归属。
   • 如果车辆登记在名义所有人名下，且没有其他充分证据证明车辆实际归您所有，那么法院可能会认定车辆为名义所有人的财产，并据此进行扣押或拍卖。

四、建议与措施

1. 保留并整理好挂靠协议及相关证据：

   • 确保挂靠协议的内容清晰、明确，并妥善保管好原件及复印件。
   • 收集并整理好与车辆购买、使用、维护等相关的证据，以证明车辆的实际归属。

2. 及时向法院提出执行异议：

   • 如果您认为法院扣车的行为侵犯了您的合法权益，可以在收到法院执行通知后及时向法院提出执行异议。
   • 在提出执行异议时，应提交挂靠协议及相关证据，以支持您的主张。

3. 寻求法律帮助：

   • 如果您对法律程序不熟悉或担心自己的权益无法得到保障，可以寻求专业律师的帮助。
   • 律师可以为您提供法律咨询、代理执行异议等法律服务，以维护您的合法权益。

最后，每个案件的具体情况都有所不同，法院在处理此类案件时也会综合考虑多种因素。因此，如果您面临此类问题，建议直接向我咨询，以便根据您的具体情况提供更准确的法律建议。