结论：公司合法留置挂靠在本公司的车辆后，一般不可以擅自营运该车辆，除非得到车辆实际所有人的明确授权或存在其他合法依据。
分析说明：
留置权的性质与限制：
- 留置权是债权人按照合同约定占有债务人的动产，在债务人不履行到期债务时，债权人有权依法留置该财产，并以该财产折价或者以拍卖、变卖该财产的价款优先受偿的权利。
- 在公司合法留置挂靠车辆的情况下，公司仅享有留置权，即有权在特定条件下（如挂靠方未履行相关费用支付义务）留置车辆，但并不意味着公司可以擅自使用或营运该车辆。
车辆所有权的归属：
- 挂靠车辆虽然登记在公司名下，但实际所有权可能仍属于挂靠方或其他实际所有人。
- 公司作为留置权人，其权利仅限于留置和优先受偿，并不包括对车辆的使用权或营运权。
擅自营运的法律后果：
- 如果公司未经车辆实际所有人同意擅自营运挂靠车辆，可能构成侵权行为，需要承担相应的法律责任，如赔偿损失、恢复原状等。
- 此外，如果公司的营运行为违反了相关法律法规（如道路运输管理条例等），还可能面临行政处罚。
合法营运的情形：
- 如果公司希望营运挂靠车辆，应当与车辆实际所有人协商并达成一致意见，签订相关协议明确双方的权利义务。
- 在得到车辆实际所有人的明确授权后，公司可以按照协议约定合法营运车辆。
行动建议：
- 核实车辆所有权：公司应首先核实挂靠车辆的实际所有权归属，确保留置行为的合法性。
- 与车辆实际所有人协商：如果公司希望营运挂靠车辆，应与车辆实际所有人进行充分协商，明确双方的权利义务和营运方式。
- 遵守法律法规：在营运过程中，公司应严格遵守相关法律法规和行业规范，确保营运行为的合法性和合规性。
特殊场景：
- 如果挂靠协议中明确约定了公司有权在特定条件下营运挂靠车辆，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么公司可以按照协议约定营运车辆。但在此情况下，公司仍应谨慎行使权利，确保不损害车辆实际所有人的合法权益。
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