当工伤认定后公司申请了行政复议，您作为职工，可以采取以下全面且系统的措施来应对，以确保自身合法权益得到有效维护：
一、了解行政复议的基本流程与时间节点
复议期限：公司对工伤认定不服申请复议的期限为60日，这个期限是从公司知道工伤认定决定之日起开始计算的。如果遇到特殊情况，这个期限可以适当延长。
复议机关：通常，复议机关是作出工伤认定决定的行政机关的上一级行政机关，或者是同级的人民政府。比如，如果是设区的市级社会保险行政部门作出的工伤认定决定，那么复议机关可以是该部门的本级人民政府，或者是上一级的社会保险行政部门。
复议决定时间：复议机关在受理申请后，一般会在60日内作出行政复议决定。如果情况比较复杂，需要延长的，经过负责人的批准，可以延长最多不超过30日。
二、积极收集与整理支持工伤认定的证据
劳动关系证据：您需要收集能够证明您与公司之间存在劳动关系的证据，比如劳动合同、工资支付记录、工作证、考勤记录，以及同事的证言等。
工伤事故证据：这些证据包括事故现场的照片、视频，医院的诊断证明、病历，事故报告，以及急救记录等。这些证据能够证明工伤事故的发生，以及您因此受到的伤害。
准备复议相关材料：除了上述证据外，您还需要准备一份复议申请书，明确表述您对工伤认定不服的理由和请求，并附上相关证据材料的清单。
三、撰写书面意见并积极参与听证
书面意见：在复议过程中，您可以撰写一份详细的书面意见，说明工伤认定的事实依据，并引用《工伤保险条例》等相关法律法规条款，强调您的法律依据。
参加听证：如果复议机关决定举行听证，您应该提前熟悉案件事实和证据，预测公司可能提出的观点，并在听证会上清晰、冷静地陈述自己的观点和事实。
四、寻求专业法律帮助
法律咨询：您可以向专业的劳动法律师咨询，获取准确的法律建议和应对策略。律师可以根据您的具体情况，为您提供个性化的法律指导。
委托代理：如果情况比较复杂，您可以考虑委托律师作为您的代理人，参与行政复议和可能的行政诉讼。律师具有专业的法律知识和丰富的实践经验，能够更好地维护您的权益。
五、考虑后续法律途径
行政复议结果：如果复议机关维持了原工伤认定，那么工伤认定将继续有效。如果复议机关撤销了原工伤认定，您可以考虑提起行政诉讼。
行政诉讼：根据《工伤保险条例》第五十五条的规定，如果您对复议决定不服，可以在收到复议决定书之日起15日内向人民法院提起行政诉讼。法院将审查工伤认定的合法性，并作出最终的判决。
六、注意事项
时效性：在整个过程中，您需要严格遵守行政复议和行政诉讼的时效要求，避免错过法定期限。
保留证据：您需要持续保留所有与工伤相关的证据材料，以备不时之需。这些证据在后续的法律程序中可能起到关键作用。
综上所述，面对公司提出的工伤认定行政复议，您应该充分了解复议流程，积极准备证据材料，撰写书面意见并参与听证，同时在必要时寻求专业法律帮助。无论复议结果如何，您都应该考虑后续的法律途径，并始终注意时效性和证据保留，以确保自身合法权益得到最大程度的维护。