契税和印花税在拍卖款中扣除的法律依据主要来源于相关的税收法律法规，以下从契税和印花税两个税种分别进行说明：
契税
法律依据：
- 根据《中华人民共和国契税法》第一条：“在中华人民共和国境内转移土地、房屋权属，承受的单位和个人为契税的纳税人，应当依照本法规定缴纳契税。”
- 在房产拍卖过程中，如果买受人通过拍卖方式取得了房产的所有权，那么买受人作为契税的纳税人，需要依法缴纳契税。
扣除方式：
- 在拍卖款中扣除契税，通常是在拍卖成交后，由拍卖机构或相关执行部门根据拍卖成交价和契税税率计算出应缴纳的契税金额，并从拍卖款中直接扣除，然后代为缴纳给税务机关。
- 这种做法的依据在于，契税是房产交易过程中必须缴纳的税费，且通常由买受人承担。在拍卖过程中，为了简化流程和提高效率，拍卖机构或执行部门会代为办理契税的缴纳手续。
印花税
法律依据：
- 根据《中华人民共和国印花税法》第一条：“在中华人民共和国境内书立应税凭证、进行证券交易以及在中华人民共和国境外书立在境内使用的应税凭证的单位和个人，为印花税的纳税人，应当依照本法规定缴纳印花税。”
- 在房产拍卖过程中，如果涉及到产权转移书据的签订（如拍卖成交确认书等），那么这些书据就属于印花税的应税凭证，需要依法缴纳印花税。
扣除方式：
- 类似于契税，印花税也可以在拍卖款中扣除。拍卖机构或相关执行部门会根据应税凭证的性质和金额，以及印花税税率计算出应缴纳的印花税金额，并从拍卖款中直接扣除，然后代为缴纳给税务机关。
- 需要注意的是，印花税的缴纳通常与应税凭证的书立或领受同时进行。在拍卖过程中，如果拍卖成交确认书等应税凭证是在拍卖成交后书立的，那么印花税的缴纳也会相应地在拍卖款结算时进行。
综合说明：
- 在房产拍卖过程中，契税和印花税作为交易过程中必须缴纳的税费，其扣除的法律依据主要来源于《中华人民共和国契税法》和《中华人民共和国印花税法》。
- 拍卖机构或相关执行部门在拍卖成交后，会根据相关法律法规和税率计算出应缴纳的税费金额，并从拍卖款中直接扣除，然后代为缴纳给税务机关。
- 如果您在房产拍卖过程中遇到契税或印花税扣除的问题，或者对相关法律法规有疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律解答和建议。