员工严重违反公司制度，公司并非在所有情况下都可以直接扣工资。是否可以扣工资以及如何扣，需要依据具体情况和相关法律法规来判断。以下是对此问题的详细分析：
一、可以扣工资的情况及限制
员工过错造成经济损失：
- 如果员工因严重违反公司制度，如故意或重大过失行为给公司造成了经济损失，且劳动合同中有明确约定可以从工资中扣除赔偿，那么公司可以在一定范围内扣除员工的工资作为赔偿。
- 扣除限制：根据《工资支付暂行规定》第十六条，每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
代扣代缴情况（虽不直接关联违纪，但为全面说明扣工资情形）：
- 用人单位可以依法代扣代缴应由员工负担的各项社会保险费用、个人所得税及其他应扣除的费用。
- 法院裁判要求代扣的抚养费、赡养费等也可以从工资中扣除。
二、不可以扣工资的情况
无合法依据的罚款：
- 公司不得以员工严重违反公司制度为由，随意对员工进行罚款，除非有明确的法律依据或劳动合同中的特别约定。
非经济损失的惩罚性扣除：
- 对于员工严重违反公司制度但未造成实际经济损失的行为，如单纯的迟到、早退（若未达到严重违纪程度且未造成损失），公司通常无权直接从工资中扣除款项作为惩罚。
超出法定限额的扣除：
- 即使员工因过错给公司造成了经济损失，公司扣除其工资时也必须遵守法律规定的限额和程序，不得超出法定范围进行扣除。
三、特殊情况及处理建议
- 公司规章制度的重要性：公司应建立健全的规章制度，明确员工的行为规范和奖惩措施，并确保这些制度经过民主程序制定并公示。这样，在处理员工严重违反公司制度的问题时，公司才能有章可循，避免引发劳动纠纷。
- 加强沟通与培训：通过培训和沟通让员工了解公司的规章制度和绩效考核制度，增强员工的合规意识和责任感。这有助于减少员工违纪行为的发生，同时也有助于公司在处理违纪行为时得到员工的理解和配合。
- 合法合规操作：在处理员工严重违反公司制度的问题时，公司应确保所有操作都符合法律法规的要求。如果公司需要扣除员工工资作为赔偿，应确保扣除的金额和程序都符合法律规定，避免引发不必要的法律风险。
四、法律后果提示
- 如果公司违反法律规定随意扣除员工工资，员工有权向当地劳动监察大队投诉或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司支付被扣除的工资及可能的赔偿金。
- 在严重情况下，如果公司的行为构成恶意拖欠工资或违反其他劳动法律法规，还可能面临劳动保障行政部门的处罚。
综上所述，员工严重违反公司制度时，公司并非可以随意扣工资。是否可以扣工资以及如何扣，需要依据具体情况和相关法律法规来判断。公司在处理此类问题时，应确保合法合规，避免引发劳动纠纷。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。