合同盖的是员工部门的章而不是公司的章，该合同的法律效力需分情况讨论：

1. 部门章具有代表公司签订合同的权限：

   • 如果该部门章在公司内部被明确授权可以代表公司签订合同，或者根据公司的交易习惯、行业惯例，该部门章的使用被视为公司行为，那么该合同对公司具有法律效力。这种情况下，部门章的使用相当于公司公章的使用，合同双方的权利义务受法律保护。

2. 部门章不具有代表公司签订合同的权限：

   • 如果该部门章并未被公司授权可以代表公司签订合同，且合同相对方在签订合同时知道或应当知道该部门章无此权限，那么该合同对公司可能不具有法律效力。因为此时部门章的使用不能视为公司行为，合同可能因缺乏公司意思表示而无效。但需要注意的是，如果合同相对方在签订合同时是善意的，即不知道且不应知道该部门章无此权限，且已经履行了合同主要义务，那么根据法律规定，该合同可能仍然对公司具有约束力。

3. 合同相对方的善意与恶意：

   • 在判断合同是否对公司具有法律效力时，合同相对方的善意或恶意是一个重要因素。如果合同相对方在签订合同时是善意的，即不知道且不应知道部门章无代表公司签订合同的权限，且已经基于合同履行了主要义务，那么该合同可能仍然有效。相反，如果合同相对方在签订合同时是恶意的，即知道或应当知道部门章无此权限，那么该合同可能对公司无效。

4. 实际履行情况：

   • 合同的法律效力还受到实际履行情况的影响。如果合同双方已经按照合同约定履行了主要义务，且没有争议，那么即使合同上盖的是部门章，也可能被视为双方的真实意思表示，从而具有法律效力。

法律建议：

• 对于公司而言：应明确部门章的使用范围和权限，避免部门章被滥用导致公司承担不必要的法律责任。同时，应加强对部门章的管理和监督，确保部门章的使用符合公司规定和法律法规。
• 对于合同相对方而言：在签订合同时，应仔细审查合同上的印章是否为公司公章或具有代表公司签订合同权限的部门章。如果对印章的真实性或权限有疑问，应及时与公司核实或要求公司提供相关证明文件。

可能法律后果：

• 如果合同被认定无效，那么合同双方可能无法依据合同主张权利或履行义务。此时，双方可能需要根据实际情况协商解决争议，或者通过法律途径解决纠纷。
• 如果合同被认定有效，但公司因部门章的使用而承担了不必要的法律责任，公司可以向相关责任人追偿损失。

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