结论前置：在一般情况下，公司盖章但不是法人签字的合同是有效的，但具体效力还需根据合同的约定、实际情况以及相关法律法规来综合判断。以下是对此问题的详细分析：
有效的情况
盖章的法律效力：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。公司印章代表着公司的意志和行为，与法定代表人签字具有同等的法律效力。因此，当合同上加盖了公司的真实印章时，通常表明公司对合同内容予以认可和承诺，该合同是有效的。
- 举例：比如，甲乙两公司签订了一份买卖合同，合同上加盖了甲公司的公章，虽然甲公司的法人没有签字，但只要合同内容合法，且双方是在平等、自愿的基础上签订的，那么这份合同就是有效的。
构成表见代理：
- 即使签字人不是法定代表人，但如果其持有公司印章并以公司名义签订合同，且相对人有理由相信该签字人有代理权（如长期负责业务往来的员工），根据表见代理制度，该代理行为有效，合同对公司具有约束力。
- 举例：某公司员工长期负责与某供应商的业务往来，并持有公司印章。在一次交易中，该员工以公司名义与供应商签订了合同并加盖了公司印章，虽然法人没有签字，但供应商有理由相信该员工有代理权，因此该合同对公司具有约束力。
双方自愿且内容合法：
- 合同的具体内容应当符合法律法规的规定，且应当是双方自愿签订的。这是合同有效性的基本前提。只要合同内容不违法，且双方是在平等、自愿的基础上签订的，那么即使只有公司盖章而没有法人代表签字，合同也是有效的。
无效或可能无效的情况
印章系伪造或被盗用：
- 如果印章是伪造的，或者是被他人盗用后加盖在合同上的，而公司对该盖章行为并不知情且没有追认，那么该合同对公司不发生法律效力。此时，合同无效。
- 举例：某不法分子伪造了某公司的公章，并以该公司名义与他人签订了合同。由于该印章是伪造的，且公司对该盖章行为并不知情，因此该合同对公司不发生法律效力。
违反法律法规的强制性规定：
- 如果合同内容本身违反了法律法规的强制性规定（如从事非法活动），即使有公司盖章，合同也是无效的。法律的强制性规定必须得到遵守，否则合同将不具备法律效力。
- 举例：甲乙两公司签订了一份走私合同，虽然合同上加盖了两公司的公章，但由于走私是违法行为，因此该合同无效。
特别约定的生效条件：
- 如果当事人在合同中特别约定了合同必须在签字并加盖公章后才生效，那么在这种情况下，仅有公章而没有法人签名的合同则不会生效。这是因为双方已经通过约定明确了合同的生效条件，必须同时满足这些条件合同才能生效。
- 举例：甲乙两公司签订了一份合作协议，并在协议中明确约定“本协议自双方签字并加盖公章之日起生效”。如果甲公司只加盖了公章而没有法人签字，那么该协议对甲公司不发生法律效力。
建议
- 在签订合同时，建议双方明确约定合同的生效条件，以避免不必要的纠纷。比如，可以约定合同自双方签字并加盖公章之日起生效，或者约定合同自一方履行主要义务且对方接受时生效等。
- 对于公司而言，应加强对印章的管理和使用，防止印章被伪造或盗用。比如，可以建立印章使用登记制度，对印章的使用情况进行详细记录；同时，定期对印章进行检查和更换，确保印章的真实性和有效性。
- 在遇到合同纠纷时，应及时向我咨询，以便准确判断合同的有效性并采取相应措施。我会根据具体情况，为你提供专业的法律意见和解决方案。
综上所述，有公司盖章但不是法人代表签字的合同在一般情况下是有效的，但具体效力还需根据合同的约定、实际情况以及相关法律法规来综合判断。在签订和履行合同过程中，双方应严格遵守法律法规和合同约定，确保合同的合法性和有效性。