结论前置：保密协议中约定的100万违约金对于普通人而言可能确实显得高额，但违约金是否过高并非单纯由金额数字决定，而是需要依据法律规定和实际情况进行综合判断。以下从多个角度进行分析：
法律对违约金的规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。但约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
- 这意味着，即使保密协议中约定了高额的违约金，如果实际损失远低于该金额，违约方也有权请求法院或仲裁机构减少违约金数额。
违约金过高的判断标准：
- 违约金是否过高，通常需要与实际损失相比较。如果违约金数额明显超过实际损失的30%，一般可以认定为“过分高于造成的损失”。
- 在实际案例中，法院会综合考虑多种因素，如违约方的过错程度、合同履行情况、预期利益等，来判定违约金是否过高。
对于普通人的影响及建议：
- 对于普通人而言，如果保密协议中约定的违约金确实过高，且实际损失远低于该金额，那么在面临违约纠纷时，可以积极寻求法律援助，向法院或仲裁机构提出减少违约金的请求。
- 同时，在签订保密协议时，也应仔细阅读协议条款，特别是关于违约金的约定，确保自己能够承担可能的违约责任。如果认为违约金过高，可以与对方协商修改协议条款，或者寻求专业律师的意见。
实际操作中的注意事项：
- 在实际操作中，如果违约方认为违约金过高，需要承担举证责任，证明实际损失远低于约定的违约金数额。
- 因此，建议违约方在面临违约纠纷时，及时收集相关证据，如合同履行情况、对方实际损失等，以便在诉讼或仲裁中支持自己的主张。
举例说明：假设某保密协议中约定了100万的违约金，但实际因违约造成的损失仅为10万。在这种情况下，违约方可以向法院或仲裁机构提出减少违约金的请求，法院或仲裁机构可能会根据实际情况将违约金数额调整至与实际损失相当的水平，如13万（即实际损失的130%）。
进一步思考：保密协议中的违约金条款是为了保护双方的合法权益而设定的，但违约金数额的约定应当合理、公平。如果违约金过高，不仅可能给违约方带来过大的经济负担，也可能影响合同的公平性和有效性。因此，在签订保密协议时，双方应充分考虑实际情况和可能的风险，合理约定违约金数额。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。