核心结论：在收到短信投诉拖欠工资，但实际早已结清劳动者工资的情况下，可按以下步骤处理：

1. 核实工资结清证据

   • 收集书面凭证：立即整理所有能证明工资已结清的证据，包括但不限于工资转账记录（银行流水需显示收款人姓名、账号及转账备注“工资”）、劳动者签字确认的工资结清证明（如有）、劳动合同中关于工资支付的条款、考勤记录（与工资计算相关联）等。
   • 确认证据效力：检查证据是否完整、合法。例如，工资结清证明需有劳动者本人签字及日期，银行流水需加盖银行公章（若为电子版需确保可验证真实性）。若证据存在瑕疵（如签字非本人、转账备注不明确），需补充其他证据（如劳动者曾通过微信/短信确认工资已结清的聊天记录）。

2. 与劳动者沟通核实

   • 主动联系劳动者：通过电话、微信或书面方式（优先选择可留痕的方式）联系劳动者，询问其投诉原因。可能的情况包括：劳动者未收到工资（如转账失败）、对工资计算有异议（如加班费未计入）、误以为工资未结清（如未收到结清证明）、恶意投诉（如离职后因纠纷报复）等。
   • 记录沟通内容：沟通时需明确告知劳动者“公司已提供工资结清证据，若您认为存在争议，请在X日内提供反证，否则公司将保留追究恶意投诉责任的权利”。沟通全程需录音或保存聊天记录，以备后续使用。

3. 向投诉方（如劳动监察部门）提交证据

   • 书面回复投诉：根据短信投诉的来源（如劳动监察大队、12345热线等），在规定期限内（通常为3-5个工作日）提交书面回复，附上工资结清证据及与劳动者的沟通记录。回复中需明确说明：“经核实，劳动者XX的工资已于XX年XX月XX日通过XX方式结清，附证据如下……”。
   • 要求撤销投诉：若投诉方为劳动监察部门，可请求其根据《劳动保障监察条例》第15条（“劳动保障行政部门对违反劳动保障法律、法规或者规章的行为的调查，应当自立案之日起60个工作日内完成；对情况复杂的，经劳动保障行政部门负责人批准，可以延长30个工作日”）的规定，在调查后撤销投诉。

4. 防范后续风险

   • 完善工资支付流程：若此次事件暴露出工资支付流程漏洞（如未要求劳动者签字确认结清、转账备注不规范等），需立即整改。例如，要求劳动者在结清工资时签署《工资结清确认书》，明确“本人确认XX公司已足额支付本人截至XX年XX月XX日的所有工资及福利，双方无争议”。
   • 保留追责权利：若劳动者存在恶意投诉（如明知工资已结清仍投诉，或投诉内容与事实严重不符），可依据《治安管理处罚法》第42条（“捏造事实诬告陷害他人，企图使他人受到刑事追究或者受到治安管理处罚的，处五日以下拘留或者五百元以下罚款；情节较重的，处五日以上十日以下拘留，可以并处五百元以下罚款”）或《刑法》第243条（诬告陷害罪，需情节严重）追究其法律责任。但需注意，追责需以劳动者主观恶意为前提，且需充分证据支持。

特殊情况处理：若劳动者主张“工资未结清”是基于未支付的加班费、年终奖等争议（即使公司认为已结清），则需区分情况：若争议属于劳动仲裁范围（如加班费计算错误），可引导劳动者通过劳动仲裁解决，而非投诉拖欠工资；若公司确实未支付应付款项，需及时补付并协商解决投诉，避免行政处罚。