结论：公司签了协议约定贪污双倍处罚，这一条款的合理性需从多个角度分析，在法律框架内，该条款可能因违反法律强制性规定或公序良俗而无效，也可能因属于双方自愿约定的违约金条款而部分有效。以下是对此问题的详细分析：
一、法律框架内的合理性分析
法律强制性规定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关法律法规，用人单位与劳动者约定的违约金条款，通常仅限于服务期和竞业限制两种情形。对于贪污等违法行为，法律并未明确允许用人单位通过约定违约金的方式来惩罚劳动者。
- 如果协议中的“贪污双倍处罚”被视为一种违约金条款，且该条款超出了法律允许的范围，那么该条款可能因违反法律强制性规定而无效。
公序良俗原则：
- 公序良俗是法律的基本原则之一，要求民事活动不得违反社会公共利益和社会公德。
- 贪污是违法行为，但通过协议约定双倍处罚的方式，可能被视为对违法行为的“私了”或变相鼓励，从而违反公序良俗原则。
二、协议条款的具体内容分析
条款表述的明确性：
- 如果协议中的“贪污双倍处罚”条款表述模糊，未明确贪污的具体定义、处罚的计算方式等，那么该条款可能因缺乏明确性而难以执行。
- 明确的条款表述是协议有效性的基础，也是双方权益的保障。
条款的合理性：
- 即使协议中的条款不违反法律强制性规定和公序良俗原则，也需要考虑其合理性。
- 双倍处罚可能过于严厉，超出了一般商业实践中的合理范围，从而可能被视为显失公平的条款。
三、实际操作中的建议
审查协议条款：
- 在签订协议前，公司应仔细审查协议条款，确保条款不违反法律强制性规定和公序良俗原则。
- 对于涉及贪污等违法行为的处罚条款，应咨询专业律师的意见，以确保条款的合法性和合理性。
考虑替代方案：
- 如果公司希望对贪污等违法行为进行惩罚，可以考虑通过法律途径追究相关人员的法律责任，而不是通过协议约定双倍处罚。
- 此外，公司还可以加强内部管理，建立健全的内部控制制度，以预防贪污等违法行为的发生。
协商与修改：
- 如果协议中的“贪污双倍处罚”条款存在争议或不合理之处，双方可以协商修改该条款，以达成更加合理和可行的协议。
进一步思考：在签订任何协议时，公司都应谨慎考虑条款的合法性和合理性，以避免潜在的法律风险。如果公司对协议条款有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询，我将根据公司的具体情况提供专业的法律意见。