被告可以依法提出管辖权异议来申诉，具体分析如下：

1. 法律依据与基本原则
   根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十五条（或对应最新法条，如《民事诉讼法》第二十二条关于管辖的规定），同一诉讼的几个被告住所地、经常居住地在两个以上人民法院辖区的，各该人民法院都有管辖权。但若原告就同一借款事实在两个不同法院重复起诉，被告可通过提出管辖权异议，主张由其中一个更适宜的法院集中审理，避免司法资源浪费和裁判冲突。

2. 操作步骤与注意事项

   • 第一步：确认重复起诉事实
     被告需核实两起案件的原告、借款事实、证据材料是否完全一致。若两案基于同一法律关系和事实，则构成重复起诉，可成为管辖权异议的合理依据。
   • 第二步：在答辩期内提出异议
     被告应在收到起诉状副本之日起15日内，向受理案件的法院提交书面《管辖权异议申请书》，明确指出另一法院已受理相同案件，并附相关证据（如另一法院的受理通知书、案号等）。
   • 第三步：等待法院审查与裁定
     法院将审查两案是否确属重复起诉，并依据“便利当事人诉讼、便利法院审理”的“两便原则”决定管辖法院。若异议成立，案件将移送至另一法院或指定由其中一个法院合并审理。

3. 特殊情形处理

   • 若两案非完全重复：如借款金额、利息计算方式、担保条款等存在差异，法院可能认定不构成重复起诉。此时被告需针对两案分别应诉，但可主张合并审理以减少诉累。
   • 若两法院均已立案：被告可依据《民事诉讼法》第三十六条，请求共同上级法院指定管辖，由一个法院集中审理，避免裁判矛盾。

4. 风险提示与建议

   • 时效性：管辖权异议需在答辩期内提出，逾期将丧失权利。
   • 证据准备：需充分证明两案的重复性，如借款合同、转账记录、催款记录等核心证据需一致。
   • 后续策略：若管辖权异议被驳回，被告仍可在实体审理中主张借款已清偿、利息过高或诉讼时效届满等抗辩事由。

温馨提示：管辖权异议是被告的法定权利，但需严格遵循程序要求。若对具体操作或证据准备有疑问，可直接向我咨询，我将结合案件细节为您提供进一步指导。