关于区乡基层政府对持有护照人员进行照片登记是否合法的问题，这主要涉及到公民个人信息保护和政府行政管理权限的边界。
首先，我们需要明确的是，政府在进行行政管理时，确实需要收集和使用公民的个人信息，但这种收集和使用必须遵循合法、正当、必要的原则，并且要确保公民个人信息的安全。对于护照持有者的照片登记，如果这一行为是基于合法的行政管理目的，比如为了加强出入境管理、维护国家安全或社会秩序等，并且是在法律、法规的授权范围内进行的，那么这种行为在原则上是合法的。
然而，要判断区乡基层政府对持有护照人员进行照片登记是否具体合法，我们还需要考虑以下几个方面：
法律依据：是否有明确的法律、法规或规章授权区乡基层政府进行此类照片登记。如果没有明确的法律依据，那么这种行为可能涉嫌违法。
程序正当性：即使存在法律依据，政府在进行照片登记时也必须遵循正当的程序，比如事先告知公民登记的目的、方式、范围等，并确保公民的知情权、同意权等得到保障。
信息保护：政府必须采取必要的技术和管理措施，确保公民个人信息的安全，防止信息泄露、滥用或非法获取。
必要性原则：政府在进行照片登记时，必须确保这一行为是必要的，即没有其他更温和、更少侵犯公民权益的方式可以达到同样的行政管理目的。
就目前您提供的信息来看，公安部发布的公告主要关注的是出入境证件的办理便利化和手续简化，并没有直接涉及区乡基层政府对持有护照人员进行照片登记的问题。因此，要准确判断这一行为的合法性，我们需要查阅更具体的法律、法规或规章，或者咨询相关的法律专业人士。
如果您对区乡基层政府的这一行为有疑虑或担忧，我建议您首先了解该行为的具体目的、方式和范围，并询问政府相关部门是否有明确的法律依据。如果您认为这一行为可能侵犯了您的合法权益，您可以向当地的法律援助机构或律师寻求帮助，以维护自己的合法权益。