非法经营罪卷烟主要由公安机关的经济犯罪侦查部门（经侦部门）负责管辖。以下是对此问题的详细分析：

一、非法经营罪与经侦部门职责

非法经营罪，特别是涉及卷烟的非法经营，是典型的破坏社会主义市场经济秩序的犯罪。这类犯罪通常涉及未经许可经营法律、行政法规规定的专营、专卖物品，如卷烟，以及其他限制买卖的物品。公安机关的经济犯罪侦查部门（经侦部门）正是负责承办此类破坏市场经济秩序犯罪案件的侦查工作。

二、具体管辖规定

1. 地域管辖：

   • 非法经营罪的案件一般由犯罪地的公安机关经侦部门管辖。这意味着，如果非法经营卷烟的行为发生在某个特定地区，那么该地区的公安机关经侦部门将负责调查和处理。
   • 如果犯罪嫌疑人居住地的公安机关管辖更为适宜，也可以由犯罪嫌疑人居住地的公安机关经侦部门管辖。这考虑到了犯罪嫌疑人的居住地与犯罪行为之间的关联性，以及便于调查和取证的因素。

2. 级别管辖：

   • 一般的非法经营犯罪案件，通常由基层公安机关（区、县级）的经侦大队负责办理。这些案件可能涉及金额较小、情节较轻的非法经营活动。
   • 对于重大、复杂或跨区域的非法经营犯罪案件，可能会由市级甚至省级公安机关的经侦部门直接办理或组织协调办理。这些案件通常涉及金额巨大、情节严重，或者涉及多个地区，需要更高层级的公安机关进行协调和处理。

三、举报与报案流程

当公众发现有人涉嫌非法经营卷烟时，应当及时向当地公安机关的经侦部门进行举报或报案。举报或报案时，应提供尽可能详细的线索和证据，如犯罪嫌疑人的身份信息、非法经营活动的地点和时间、涉及的卷烟数量和金额等。经侦部门将依据法律规定和程序对举报或报案进行调查处理，确保市场经济秩序的合法稳定。

四、法律后果与建议

非法经营卷烟是违法行为，不仅扰乱了市场经济秩序，还可能对消费者的健康造成危害。因此，企业和个人应严格遵守相关法律法规，避免涉足非法经营活动。如果发现有人涉嫌非法经营卷烟，应及时向公安机关经侦部门举报，以维护市场秩序和保护消费者权益。同时，对于涉嫌非法经营的个人或企业，将面临法律的制裁，包括罚款、没收违法所得、甚至刑事处罚等。

综上所述，非法经营罪卷烟主要由公安机关的经济犯罪侦查部门负责管辖。了解这一管辖规定对于维护市场秩序和保护消费者权益具有重要意义。如果您有任何关于非法经营罪或其他刑事案件的法律问题，可以直接向我咨询。