儿子和父亲单独写的协议是否有效，需根据具体情况来判断。以下是从不同角度进行的分析：
协议内容与房屋产权状况
- 个人完全所有财产：如果协议涉及的财产（如房屋）是父亲个人完全所有的，那么父亲有权自由处分该财产。在这种情况下，只要协议内容真实、合法，无欺诈、胁迫等违法情形，且形式符合法律要求（如双方签字、注明日期），该协议通常是有效的。
- 共有财产：如果协议涉及的财产是父亲与他人（如配偶）共有的，那么父亲单独写协议处分共有财产可能属于无权处分。未经其他共有人同意，涉及共有部分的协议效力可能存在瑕疵，其他共有人有权主张该部分协议无效。
协议形式和内容要求
- 形式要件：协议最好采用书面形式，明确写明双方的身份信息、财产的具体信息、处分意愿等内容，并由双方签字确认。对于房产等不动产，还需依法办理相关登记手续（如过户登记），以满足法律规定的形式要求。
- 内容要件：协议内容必须清晰、明确，无歧义地表达双方的意愿。同时，内容不得违反法律法规的强制性规定，不得损害国家、集体和他人的合法权益，也不能有附条件违法或违背公序良俗的内容。
签订协议时的民事行为能力
- 父亲和儿子在签订协议时都必须具备完全民事行为能力，且该协议必须是双方真实意思的表示。如果存在欺诈、胁迫等情形，或者因精神状况不佳而无法理解协议内容，协议可能被认定为无效。
其他可能影响协议有效性的因素
- 还需考虑是否存在善意第三人等可能影响协议有效性的因素。例如，如果父亲已将财产抵押给第三方，且未告知儿子，则可能影响协议的效力。
法律建议：
- 在签订协议前，建议双方充分了解协议内容，确保协议内容真实、合法、有效。
- 如果协议涉及共有财产或不动产，建议咨询专业律师，以确保协议的形式和内容符合法律要求。
- 签订协议后，应依法办理相关登记手续，以确保协议的履行和财产的转移。
可能后果：
- 如果协议有效，双方应按照协议内容履行各自义务。
- 如果协议无效或存在瑕疵，可能引发纠纷和诉讼，给双方带来不必要的麻烦和损失。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。