结论：买二手车发现是水淹车后私下解决，再起诉是否有效需分情况讨论，关键在于私下解决的具体内容、是否保留证据以及诉讼时效等因素。

1. 私下解决的具体内容影响诉讼有效性

• 若私下解决时签订了和解协议：如果双方在私下解决时签订了和解协议，且协议中明确约定了车辆状况、赔偿金额、违约责任等条款，那么这份协议具有法律效力。若卖方未按照协议履行义务，买方可以依据协议向法院提起诉讼，要求卖方承担违约责任。此时，起诉是有效的，但买方需要提供和解协议作为证据。

• 若私下解决时未签订书面协议：如果双方只是口头约定，没有签订书面协议，那么买方在起诉时可能面临举证困难的问题。因为口头约定难以证明，且卖方可能否认之前的约定。在这种情况下，买方需要提供其他证据来证明车辆是水淹车以及卖方存在欺诈行为，如车辆维修记录、检测报告、证人证言等。如果买方能够提供充分证据，起诉仍然可能是有效的。

2. 保留证据是起诉有效的关键

• 证据种类：买方在发现车辆是水淹车后，应尽可能保留相关证据，如车辆照片、视频、维修记录、检测报告、与卖方的沟通记录等。这些证据将有助于证明车辆的实际状况以及卖方的欺诈行为。

• 证据收集：买方在收集证据时，应注意证据的合法性和真实性。例如，车辆检测报告应由具有资质的检测机构出具，沟通记录应完整保存等。

3. 诉讼时效也是需要考虑的因素

• 诉讼时效规定：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。因此，买方在发现车辆是水淹车后，应在诉讼时效期间内提起诉讼，否则可能丧失胜诉权。

4. 实际操作建议

• 及时咨询律师：如果买方在发现车辆是水淹车后，不确定如何处理或担心私下解决后无法维权，可以及时咨询专业律师。律师将根据具体情况提供法律建议，帮助买方制定合适的维权策略。

• 谨慎私下解决：在私下解决时，买方应谨慎对待，尽量签订书面协议并明确约定双方的权利和义务。同时，买方应保留好相关证据，以备不时之需。

5. 特殊情况说明

• 若卖方存在欺诈行为：如果卖方在销售过程中故意隐瞒车辆是水淹车的事实，构成欺诈行为，那么买方不仅可以要求解除合同、返还购车款，还可以要求卖方承担赔偿损失等违约责任。在这种情况下，即使双方已经私下解决，买方仍然有权向法院提起诉讼。

总结与建议：买二手车发现是水淹车后私下解决，再起诉是否有效取决于多种因素。为了保障自己的合法权益，买方在发现车辆问题后应及时咨询律师、保留证据，并在诉讼时效期间内提起诉讼。如果私下解决时签订了和解协议，应确保协议内容明确、合法有效；如果未签订书面协议，则应尽可能收集其他证据来证明卖方的欺诈行为。