结论：在商品因商标侵权被海关扣留的情况下，一般不能直接主张对未注册商标的在先使用来对抗商标侵权指控，但具体情形需结合实际情况和相关法律规定综合判断。以下从不同角度进行详细分析：

1. 商标法的基本原则：

   • 根据我国《商标法》的相关规定，商标注册是取得商标专用权的法定途径。未注册的商标，除非符合特定条件（如驰名商标等），否则一般不享有商标专用权。
   • 商标侵权通常指的是未经商标注册人的许可，在同一种商品或类似商品上使用与其注册商标相同或近似的商标，导致消费者混淆的行为。

2. 在先使用抗辩的适用性：

   • 一般原则：在商标侵权纠纷中，被告通常不能仅凭在先使用未注册商标来主张不侵权。因为未注册商标不享有商标专用权，无法直接对抗注册商标的专用权。
   • 例外情形：虽然一般原则如此，但在某些特定情况下，如未注册商标在特定地域内已具有一定知名度，且被告的使用行为并未导致消费者混淆，可能构成合理使用或非侵权使用。然而，这种情况下的抗辩难度较大，且需要充分的证据支持。

3. 海关扣留商品的处理：

   • 当商品因商标侵权被海关扣留时，海关通常会依据商标注册人的申请或相关法律法规进行调查和处理。
   • 如果商标注册人提供了充分的证据证明商品存在商标侵权行为，海关可能会对商品进行没收、销毁或采取其他处罚措施。
   • 在此过程中，被告（即商品的所有者或出口商）需要积极应对，提供相关证据证明自己的行为不构成侵权，或争取与商标注册人达成和解。

4. 建议与策略：

   • 及时咨询专业律师：面对商标侵权指控和海关扣留商品的情况，建议及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及可能的法律后果。
   • 收集证据：积极收集与在先使用未注册商标相关的证据，如销售记录、广告宣传材料、消费者反馈等，以证明自己的使用行为具有一定的知名度和合理性。
   • 与商标注册人协商：尝试与商标注册人进行协商，寻求和解或达成许可使用协议，以避免进一步的法律纠纷和损失。
   • 准备应对法律诉讼：如果协商无果，且商标注册人坚持提起法律诉讼，被告需要积极准备应对，包括提交答辩状、参加庭审等。

进一步思考：在实际操作中，商标侵权纠纷往往涉及复杂的法律问题和事实认定。因此，在处理此类纠纷时，除了依据法律规定进行抗辩外，还需要充分考虑实际情况和证据情况，制定合理的应对策略。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。